仔豬自身生理缺陷導致仔豬腹瀉。特別是乳豬和保育期仔豬，消化系統功能不健全，加上斷奶應激的影響，腸絨毛受損，胃酸分泌不足，對飼料中豆粕蛋白等營養物質的消化能力降低，引起仔豬腹瀉。
寒冷潮濕的環境導致仔豬腹瀉。比如冬天氣溫忽升忽降，溫差很大。仔豬對生長環境的要求很高，對溫度、濕度、風速都比較敏感，很容易因為天氣突變導致仔豬腹瀉。無論是仔豬還是大中型豬，對環境的要求都要保持在壹定範圍內，不變，有利於豬的快速生長。
從飼養管理上預防仔豬腹瀉。飼料黴變會引起仔豬腹瀉。飼料中添加過量的蛋白質和豆粕或缺乏維生素和礦物質導致仔豬腹瀉。
圈舍結構不合理，通風差，光線不足。潮濕陰暗的豬舍環境特別有利於細菌的生長。防止風侵入土路。夏天每天洗圈的時候，用冷水給豬洗，給豬造成壓力，仔豬腹瀉。開口料餵得太晚或斷奶後引起的仔豬腹瀉。
疾病導致小豬腹瀉。細菌性仔豬腹瀉包括仔豬黃痢(出生後3天內大腸桿菌的糞便呈灰黃色、黃白色、有臭味、糊狀)、仔豬紅痢(出生後7天內魏氏梭菌的糞便呈紅褐色、血樣、糊狀)、仔豬白痢(出生後30天內大腸桿菌的乳仔豬呈灰白色、糊狀)、仔豬水腫(大腸桿菌的仔豬斷奶至1-2有神經癥狀)、豬副傷寒(灰白色、淡黃色、褐色稀或糊狀
病毒引起的仔豬腹瀉包括豬瘟(豬在各階段均易發病，腹瀉有血絲和高熱)、偽狂犬病(乳豬至哺乳豬易嘔吐，呈黃色和鈣質水樣腹瀉，常伴有神經系統癥狀和高熱)、輪狀病毒(哺乳期和哺乳期可出現嘔吐、黃白色或深色水樣腹瀉)、傳染性胃腸炎(嘔吐、黃綠色、 灰白色各階段均可發生)流行性腹瀉(癥狀及發生階段同上)、圓環病毒腹瀉(斷奶前後及育肥期間可出現黃色、淺灰色水樣便，體溫正常或升高)。
仔豬腹瀉的治療:仔豬腹瀉發生時，首先要保證身體沒有脫水，不要急於人為止瀉。腹瀉本身就是身體的壹種防禦性生理功能。只有腹瀉才能排出體內有毒物質，防止內毒素中毒導致死亡。我們應該先補水，喝水，然後找原因，對癥下藥。病毒可治療4ml/天/頭1-3天，嚴重病毒性腹瀉首劑加倍。細菌使用力可舒每100g，混配200 kg，或飲用400 kg(混配效果最佳)，每日1次，連用3-5天。