1.非手術療法
空氣灌腸整復腸套疊:使用自動控壓的結腸吹氣器，將Foley管插入肛門，肛門註氣後，可見腸套疊包塊的各種影像，逐漸回縮至回盲部，直至完全消失。此時可聽到空氣通過的聲音，腹部中央突然隆起，可見網狀或圓形充氣回腸，說明腸套疊已復位。空氣灌腸復位率可達95%以上。
空氣灌腸復位的並發癥:嚴重的並發癥是結腸穿孔，透視下出現腹腔“閃光”，即空氣突然充滿整個腹腔，站立時可見膈下遊離氣體。把肛管拉出來，就不會有氣體從肛門排出。孩子呼吸困難，心跳加快，面色蒼白，病情突然惡化。應立即在劍突和臍部之間插入壹根無菌針，以排出腹腔內的氣體。
2.外科療法
手術治療的適應癥有:
(1)腸套疊氣壓灌腸非手術復位不成功。
(2)腸壞死超過24-48小時的患者。
(3)復發性腸套疊，尤其是小兒。
(4)成人腸套疊。
術前應糾正脫水和電解質紊亂，禁食水，進行胃腸減壓，必要時采取退熱、吸氧、備血等措施。全麻常用於氣管插管。
上腹部橫切口可用於較小的嬰兒，如果已知腸套疊通過灌腸到達回盲部，也可使用Maxwell切口。剖腹後暴露腸套疊包塊，檢查是否有腸壞死。如果沒有腸壞死，通過擠壓沿著結腸框架進行腸套疊。腸套疊復位後，仔細檢查腸管有無壞死，腸壁有無破裂，腸管本身有無器質性病變。如果沒有這些體征，就切除闌尾，將腸管並入腹腔，逐層縫合腹壁。在不可復性腸壞死的情況下，應進行壞死腸段的切除和吻合。