(1)農業防治:選擇抗病品種。落花後半個月至6月中旬套袋。加強栽培管理，多施有機肥和鉀肥，合理修剪，增強樹勢，提高抗病能力。及時中耕除草，及時排水，降低果園濕度。冬、春季節，枯枝、病蟲害、長枝、病果全部剪除，集中焚燒；果實生長期及時去除病果，深度濃縮。避免使用刺槐和核桃作為蘋果園周圍的防風林。
(2)物理防治:加強貯藏期管理，貯藏前去除病果，註意控制庫內溫濕度，特別是貯藏後期溫度升高時，加強檢查，及時去除病果。
(3)在化學防治果樹發芽前，在樹冠上噴灑百菌清、輕柴油或噻菌靈，以根除樹體上的越冬病菌。生長期噴施應在花已枯萎、果實已坐實(5月)後開始，藥劑可選:苯醚甲環唑、炭疽福美雙、代森錳鋅、甲磺隆或甲基硫菌靈。發病初期噴施咪鮮胺、咪鮮胺錳鹽、戊唑醇、苯醚甲環唑、腈菌唑、氟矽氧烷或氟矽氧烷，與戴森、百菌清、波爾多液、代森錳鋅交替使用。
(4)炭疽病的生物防治可以誘導蘋果對炭疽病的抗性。在膠孢炭疽菌入侵季節，在果實上噴灑膠孢炭疽菌懸液或在蘋果樹冠上方懸掛10捆(2-3 1捆)接種15 cm長的膠孢炭疽菌滅菌枝條，可防治膠孢炭疽菌。另外可以用多抗黴素防治蘋果炭疽病，從開花到果實套袋可以連續噴兩次。也可以用農康120的果樹專用噴霧。發病初期，噴施中生黴素(又名農抗715)，或噴施中生黴素水溶液和克，或混配中生黴素和福星，防治效果較好。熒光假單胞菌制劑和芽孢桿菌制劑對蘋果炭疽病也有壹定的防治效果。