黃連治療細菌性痢疾有效，5 ~ 7天治愈。使用的口服劑量為每日2 ~ 3克，每日8 ~ 12克。有人主張每天6克為宜，每天3克無效。1歲以下兒童0.2 ~ 0.3g，2 ~ 4歲以下兒童0.3 ~ 0.6g，4 ~ 8歲以下兒童0.5 ~ 1.0g，8歲以上兒童0.5 ~ 1.5g，首劑加倍，每日4 ~ 6次。少數頑固病例可用2 ~ 3%黃連液保留灌腸，成人每次100 ~ 200ml，每日1 ~ 2次。如果慢性菌痢的腸黏膜有實質性病變，可借助乙狀結腸鏡將黃連粉直接噴在腸壁上，隔日1次，3 ~ 5次為壹療程。黃連的遠期療效也不錯，復發的話還是有效的，但對阿米巴痢疾療效較差，也可用於小兒中毒性菌痢。急性菌痢平均退熱時間為21小時，老年人約為3.2天。腹痛消失時間1.5 ~ 5.9天，大便培養轉陰3 ~ 5.8天。有人比較過黃連與碘鎓類藥物、鏈黴素、痢疾噬菌體的療效，發現黃連組臨床癥狀改善速度與其他三組相當，而大便培養轉陰時間黃連組更快。很多作者認為黃連至少和其他幾種治痢疾的藥壹樣好，而且不像碘胺和氯黴素那樣容易產生副作用。此外，黃連中含有的生物堿黃連堿對痢疾誌賀菌有很好的抗菌作用。成人壹般用量為100 ~ 200mg，每日3 ~ 4次。臨床癥狀消失，大便性狀轉正常，培養轉陰後，停藥。或者用0.1%黃連素溶液1 ml和1%普魯卡因溶液1 ml進行穴位註射。取穴:關元、氣海、舒天、足三裏(雙側交替註射)，每穴0.5 ml，每日1次，7天為壹療程。手法:慢進針，慢推藥，快退針。* * *治療急慢性細菌性痢疾87例，急性病例療效較好。
②治療傷寒
口服黃連粉裝入膠囊，每次2g，每4小時1次，直至體溫正常後3-5天。治療15例，臨床治愈13例，無效2例；治愈病例完全退熱的平均天數為5.6天。2例復發性傷寒患者，在使用各種抗生素和激素無效後，用黃連素200 mg，每日3次。結果他們服藥後第三天體溫明顯下降，第13天完全恢復正常。* * *服用21天沒有不良反應。停藥2周，大便培養2次陰性。據報道，用香連丸(黃連、木香)治療傷寒帶菌者137例，絕對療效達98%以上。但據報道用香連丸或黃連素治療傷寒帶菌者11例，長期觀察無效果。
③治療肺結核。
黃連素每次300毫克，每日3次，3個月為壹個療程。據報道，30例肺結核患者咯血、發熱、咳嗽癥狀經治療後全部消失，排菌患者轉陰率為83.3%，X線片吸收有所改善。2%黃連液和0.25%黃連素液也可作為氣管滴註治療結核性空洞，薄壁空洞閉合率壹般較高。用黃連素和異煙肼治療重癥肺結核合並糖尿病患者，服藥後糖尿病病情好轉穩定。
④治療流行性腦脊髓膜炎。
大劑量黃連素治療40例，治愈24例，平均療程7.4天。少數患者腦脊液培養仍有腦膜炎球菌生長，提示黃連素的抗腦膜炎球菌作用是殺菌而非滅菌，推測黃連素通過腦膜血管到達腦膜控制炎癥，而非通過血腦屏障進入腦脊液。因此認為黃連素對該病的治療並不理想，不能替代磺胺類藥物。
⑤治療大葉性肺炎
口服黃連粉，每次2分，每日4 ~ 6次。據23例觀察，平均退熱天數為2.9天。
⑥治療猩紅熱。
用10%黃連糖漿治療猩紅熱44例，全部治愈。與青黴素和青黴素加磺胺相比，黃連組療效不遜於其他兩組。口服黃連幹膏(0.25克約等於原生藥1克)治療猩紅熱38例，兒童劑量0.1.5 ~ 0.3克，成人劑量0.45克，每日3 ~ 4次，連用6.5天，少數病例用5%黃連溶液滴鼻或噴喉治愈。
⑦治療白喉。
11例輕度白喉患者，口服黃連粉(每次0.6g，每日4 ~ 6次)，用1%黃連液含漱。體溫在1-3天內恢復正常，假膜平均2.6天消退。治療後咽拭子培養平均2.8天轉陰。用上述方法治療潰瘍膜性咽炎也取得了良好的效果。還有用黃連莖(葉柄)治療白喉的報道:凡病程小於24小時，體溫在38℃以下，全身狀況良好，局部未形成大片白膜的白喉患者，用相當於火柴棍長度和粗細的黃連莖8根，包括置於齒頰之間，每次1小時，每日3-4次；體溫38℃以上的患者，用黃連莖和10%黃連莖浸液(黃連莖10g用水浸泡48小時，過濾，煎成100ml，涼透備用)，用噴霧器噴入咽腔，每日3-4次。用上述方法治療50例，全部治愈。
⑧治療肺膿腫
采用氣管內滴註和口服相結合的治療方法。每次滴黃連素4 ~ 6 mg，壹日1次，壹日三次，服用黃連素1.2 ~ 4.8 g，四周為壹療程。每1周復查血常規、痰常規、胸片1次。病變在1葉內的28例中，治愈14例，顯著改善10例，好轉3例，無效1例。有4例超過1個肺葉，1例有顯著進步，2例無效果。x線胸片證實25例有空洞，28例治療後閉合，2例無效。
⑨治療膿胸
將粉碎的黃連加水煎煮兩次，制成10%溶液，由遊子浸潤。每日1次，每次20分鐘，15 ~ 20次為壹療程。如果病變頑固，休息10天可以繼續下壹個療程。12例小兒急性膿胸采用浸潤療法、吸膿療法和全身支持療法。結果:10次穿刺內，治愈3例(體溫降至正常，哮喘、呼吸困難消失，胸腔積液完全消失)，好轉1例(體溫明顯下降，哮喘緩解，呼吸困難消失，胸片仍有少量積液)。6例經10 ~ 23次穿刺治愈。另外兩例病情較重，感染控制無效。只進行了幾次浸潤治療，他們就死於呼吸衰竭。據觀察，黃連不僅對金黃色葡萄球菌和肺炎球菌有明顯的殺菌作用，而且有特異的收斂作用，減少炎癥滲出，促進病竈吸收，緩解癥狀，縮短病程。在臨床上可以作為輔助治療，但要盡早實施。
主治潰瘍性結腸炎。
***18例，治愈15例。治療:噴粉——清理患者腸道內容物。任何可以通過乙狀結腸鏡檢查發現的潰瘍和其他炎性病變都可以用帶有長金屬臂的粉末噴霧器進行治療。黃連粉可直接噴於潰瘍或病變處，每次6-8分鐘，隔日1次，9次為壹療程，以後可根據病情每1周進行第二或第三療程。定位灌腸法——如果病變較高，根據X線檢查查出的病變，計算肛門到病變區的距離，插入橡膠軟管(使用適當硬度的洗胃管)，然後將生黃連粉與150ml溫水混合後註射。註射藥物後，根據病變部位將患者置於左、右、仰臥位和臀部高位。同時指導患者用手按壓腸道病變兩端，安靜休息。壹般1 ~ 2小時後可以自由活動。隔日沖洗1次，9次為壹療程。如有必要，可每1周進行第二、三個療程。噴粉或灌腸起初可引起偶發性疼痛，2 ~ 3次即可消失，無其他副作用。如果加入適量的鹽酸普魯卡因粉，可以避免疼痛，不影響療效。在上述治療中，應同時給予壹般常規護理和治療。
⑾治療高血壓。
口服黃連堿0.75 ~ 4g，每日3 ~ 4次，療程6 ~ 14天。治療13例，12例在治療後幾天內血壓降至正常範圍。據報道，黃連堿具有抑制鏈球菌和擴張血管的作用，因此認為黃連堿可能具有治療高血壓合並急性腎炎和高血壓合並心絞痛和冠狀動脈供血不足的雙重作用。同時，由於黃連素具有舒張血管、降低血壓的作用，在治療伴有血壓降低或休克的急性感染性疾病時，應慎用大劑量黃連素。
⑿治療布魯氏菌病。
0.2%註射液(每安瓿2ml，含黃連素4mg)，每天肌註2ml，15天為壹療程，適用於各期布魯氏菌病患者，有壹定療效。或用黃連素5.5克、西盧卡因2.5克、蒸餾水1000毫升配成無菌溶液，每天穴位註射3毫升，8天為壹療程。同時結合對癥治療。觀察31例，全部有效。另外用黃連堿和大劑量黃連湯做了臨床觀察，效果不明顯。認為黃連和黃連堿對該病療效差，易產生耐藥性。
[13]肺念珠菌病的治療
試用黃連2克，6小時內服用1次，配合維生素、葡萄糖生理鹽水治療肺念珠菌病1例。2天後臨床癥狀明顯好轉。18天後X線炎癥消失，空洞不明顯，痰培養無致病菌生長。黃連總量為160克。
[14]結腸囊睫疾病的治療。
此病為結腸囊內纖毛蟲感染引起的結腸炎，嚴重者因失敗可危及生命。雖然有幾十種治療藥物，但都沒有令人滿意的療效。有1例患者口服黃連粉0.6 g，每日2次。治療7天後，排便次數減少，腹痛減輕。第9天，劑量增加到1g，每日4次。四天後大便減少到壹天兩次，腹痛消失。經過18天的處理，結腸袋中沒有發現纖毛蟲。所有臨床癥狀消失。隨訪1個月，身體恢復，參加勞動。
⒂預防和治療麻疹
35%黃連註射液(1 ml)用於有麻疹接觸史但無癥狀的患兒肌肉註射。如出現咳嗽、紅眼、流淚、流鼻涕等癥狀，註射2ml 1次；如果有發熱、麻疹黏膜斑等典型癥狀，第1次註射2ml，兩天後再註射2ml。兩次註射後，癥狀基本可以消退，進入恢復期。57名有接觸史的兒童按上述方法進行預防性註射。經過24天的觀察，其中6人出現了典型的麻疹癥狀，16人只有眼睛發紅、咳嗽或流淚，其余36人沒有發病。
治療百日咳。
用100%黃連湯，療效顯著。與鏈黴素、氯黴素相比，療效並不遜色。越早吃藥，效果越好。劑量:0歲以下兒童每日1.0 ~ 1.5ml，0 ~ 2歲每日1.5 ~ 2.0ml，2 ~ 5歲每日2.0 ~ 2.5ml，5歲每日2.5 ~ 3ml。每日三次服用(每次用5 ~ 10 ml飽和糖漿混合服用)。20%黃連註射液也可肌肉深層註射，1以下兒童0.5-1.0毫升，1-2以下兒童0.5-2.0毫升，2-5歲以下兒童2-3毫升，5-12歲以下兒童3-5毫升。每日壹次或隔日壹次，5 ~ 7次為壹療程。
⒄治療燒傷。
用5 ~ 10%黃連油或2%黃連水治療新鮮ⅰ、ⅱ度燒傷，可使創面迅速幹燥。壹般24 ~ 48小時即可結痂，對控制感染、縮短療程有明顯效果。可以用黃連油作溶劑，蓖麻油或芝麻油，加入普魯卡因溶液減少刺激。對於膿性分泌物較多的傷口，用20%黃連水濕敷或噴灑，如果能同時使用烤燈保持傷口幹燥，療效會更好。
⒅治療化膿性感染。
壹般限於炎性浸潤期的患者用10%黃連軟膏塗抹，潰瘍或術後創面用2 ~ 10%黃連溶液換藥；炎癥嚴重者給予黃連粉膠囊1g，每日4次，可緩解疼痛，有健胃作用。治療癤、癰、急性乳房膿腫、術後感染和急性淋巴結炎66例。2.7 ~ 6天炎癥消退，膿性分泌物減少，創面清潔愈合。應報道100例急性化膿性傷口換藥與50例凡士林紗布換藥對比，證明其療效明顯優於凡士林紗布。此外，根據100例傷口膿液培養，47%的細菌對黃連有不同程度的敏感，黃連溶液的最低有效濃度為2 ~ 3%。
治療肛裂的絕招
用10%黃連(或黃柏)煎劑浸泡棉簽於肛裂表面進行鳥啄治療，每次連續使用10片以上，手法由輕到重；觀察20例。壹般只需1 ~ 2次治療，便血止住，瘙癢止住，2 ~ 5次後痊愈。或者用1份黃連粉和1份綠豆粉，加適量生理鹽水調成糊狀，治療肛瘺周圍皮炎。換藥次數取決於肛瘺的換藥次數。可使皮膚浸潤消退，膿包、水皰迅速變傻。塗抹2 ~ 3天後，痂會迅速脫落，完全恢復正常。
骨與關節竇道結核的⒇治療
將5%黃連水煎劑註入鼻竇。如果竇道較深且凹凸不平，可在竇道內插入壹根細橡膠導管，然後註射藥物，要求藥液遍布膿腫腔，擠壓患處，使藥液易於吸收。根據傷口的清潔程度；每日換藥1次或隔日換藥1至2月以上，可使鼻竇愈合。初次註射1 ~ 2次後，患者可出現不同程度的發熱反應，幾次後不再出現。黃連對結核分枝桿菌有效，但也能控制結核竇混合感染，有收斂、止發酵作用。另外，對於慢性結核性瘺管，可從軟塑料管中吸出5ml 1%黃連素溶液，插入瘺腔底部進行灌註，療程為7-48天。此法可溶解瘺壁，促進新鮮肉芽組織增生。治療初期，分泌物可突然增多，壞死、骯臟的肉芽組織迅速分離液化，出現紅潤的顆粒狀肉芽；隨著治療的繼續，分泌物逐漸減少，炎癥和腫脹的現象也逐漸消退，治療後沒有任何後遺癥。用黃連烏梅液浸泡過的紗布濕敷患處，每日1次，對治療傷口肉芽過多有壹定療效。
(21)治療婦科疾病
用浸有20%黃連提取物的陰道填塞物治療滴蟲性陰道炎49例，治愈率達95%以上。黃連還能有效治療宮頸糜爛和其他婦科炎癥。
(22)眼科疾病的治療
用5 ~ 10%黃連溶液作為洗眼液或滴眼液，可治療急性結膜炎和壹般淺表性角膜炎。用黃連硼酸溶液(含10%黃連和3%硼酸)滴眼液治療急性綜合征、淺表性角膜炎(外用5%黃連膏)、麥粒腫和各種瞼緣炎等近200例眼外炎癥，均取得良好效果。使用黃連冰片液(含20%黃連)治療急性韌帶聯合癥，效果相同。用黃連素電滲治療沙眼102例，瞼緣炎30例，均有效。有報道用10%黃連溶液治療沙眼110例，每日2次，療程3周，有效率為86.3%。海螵蛸(烏賊骨)棒浸泡在10%黃連液中摩擦沙眼，輕度1 ~ 3次，重度最多10次；通過1835人次的臨床觀察，效果良好，反應溫和。
(23)治療化膿性中耳炎
將10%黃連加入100 ml的3%硼酸溶液中，浸泡、蒸煮、過濾兩次。照常沖洗患耳，每日滴註3 ~ 4次，對急性患者效果明顯。慢性化膿性中耳炎23例，也用復方黃連滴劑(黃連8元，三沙1.5元，冰片1元，黃連水煎至100 mL後過濾，加硼砂、冰片備用)，短期內有22例耳幹，僅1例復發。0.5%黃連素也可作為電療。據15人17個病耳觀察，急性患者6個病耳全部治愈，慢性患者3個病耳治愈好轉2個。
(24)治療萎縮性鼻炎
將長約6厘米、寬0.5厘米的無菌紗布條浸泡在10%黃連溶液中24小時以上，塞入患部鼻腔，每日1次，10次為壹個療程。* * * 10例治療，對輕中度萎縮者效果較好，對鼻甲高度萎縮、大量結痂者效果不佳。使用本藥後，對嗅覺恢復、結痂、鼻分泌物減少有明顯效果。
(25)治療心絞痛
黃連粉0.4g(裝膠囊，小兒減量)，每日4次；也用1黃連溶液漱口。治療卡他性咽炎19例，急性咽峽炎33例，潰瘍性膜性咽炎4例。咽喉和頜下淋巴結的腫脹和腫大在1 ~ 4天內全部恢復正常。
(26)治療急性扁桃體炎
肌肉註射用10%黃連素註射液，每次4 ml，每日2次。8例經1 ~ 2天治療後，體溫和白細胞總數明顯下降，最終恢復正常。少數病例噴黃連素溶液，見效快。4小時後體溫降至正常，咽喉痛消失。
(27)治療上頜竇炎
上頜竇常規沖洗後，每側灌註30%黃連液2 ml，然後該側側向灌註65438±05分鐘。65438每周+0次，4 ~ 7次為壹療程。15例治療後，治愈4例，好轉8例，3例療效不明，無效。大部分患者在灌洗1 ~ 2次後顯效。治療過程中未出現全身不良反應。另外，用0.2%黃連黃連素溶液(新鮮配制的無菌溶液)在每次上頜竇沖洗後註入2ml，每周1 ~ 2次。據89例統計，治愈率為76.4%，有效率為83.2%。青黴素治療上頜竇炎81例，治愈率為43.2%。
(28)治療根管疾病
用10%黃連膏(高壓處理)根管沖洗24例，最短1次，最長5次，治愈22例。觀察到黃連制劑不僅有較強的殺菌作用，而且有收斂作用，能促進瘺口的早期閉合和愈合。而且黃連對牙齒根尖的牙周組織無有害刺激。
(29)治療口腔頜面部炎癥。
黃連素(成人600 ~ 900 mg，每日3次，嚴重感染600 mg，每日4次，加註射，兒童酌情減量。療程為2 ~ 8天。口腔頸部手術16例，傷口愈合良好，唇裂修復傷口壹期愈合。治療急性牙周炎和急性根尖周炎66例。2-4天後，45例消失，9例明顯進步，6例無效，6例未隨訪。急性牙周膿腫的治療***21例，12例同時行切開引流，2天後臨床癥狀全部消失恢復；對20例急性智齒冠周炎進行了治療。口服或註射該藥後，11例消失痊愈。治療急性膿腫9例。5 ~ 8天後，5例治愈，2例好轉，2例無明顯療效。但使用黃連時不能忽視壹般的治療規律，不能代替手術。
(30)治療由皮膚癌引起的炎癥
用10%黃連溶液治療疔瘡、癰等皮膚化膿性感染50例。結果，2/3的患者在治療後立即感到疼痛減輕，早期炎癥迅速消退。壹般經過1 ~ 3次治療後痊愈。對於已經化膿的，經過治療後膿皰會迅速破裂，壞死組織脫落，肉芽上皮迅速生長，傷口愈合。平均治愈時間為4.7天，治療過程中無不良反應。
(31)治療濕疹
將1份黃連粉和3份蓖麻油制成混懸液，塗於患處。* * * 20例治療後，12例治愈，5例好轉，3例不明顯。使用結束出現癤腫等並發癥。
(32)治療多形性滲出性紅斑。
用黃連粉和蜂蜜混合的10%糖漿塗抹口腔和嘴唇，用10%黃連溶液(有殘渣)塗抹軀幹、肛門和外陰，用透明溶液塗抹眼睛；同時口服黃連粉膠囊1g，每日三次。* * *治療9例。壹般第二天癥狀消退，3 ~ 13天恢復。這種病的主要癥狀發生在口腔，皰疹很常見。其他如眼、鼻、泌尿生殖道、肛門、肚臍等，常伴有相同病變；抗生素和激素的治療效果不明顯。