(1)農業措施
選擇抗逆性強、抗病、高產、優質的優良辣椒品種是防治無公害辣椒病蟲害的重要措施。收割後種植前徹底清理田間遺留的病體和雜草，集中焚燒或掩埋，減少病菌和害蟲的基數，減少病蟲害的傳播。菜地與禾本科作物輪作2-3年或與抗病性強的蔥、蒜輪作。病蟲害嚴重的菜田，播種前10 ~ 15cm的水旱輪作或深耕灌溉15天以上，可有效殺滅害蟲，減少土壤中的病菌。
(2)培育健康無病害的幼苗
用55℃溫水浸泡種子10 ~ 15分鐘，註意保持攪拌。水溫降至30℃時，停止攪拌，浸泡種子4小時，可預防真菌病害。用10%磷酸三鈉溶液室溫浸泡種子20分鐘，然後用清水沖洗種子，加速發芽，可預防病毒性疾病。使用50%多菌靈。也可用50%多菌靈可濕性粉劑或0.4%福美雙可濕性粉劑或0.3%甲基雙靈可濕性粉劑拌種防治真菌性病害。及時播種，培育壯苗，控制苗床溫濕度，白天不超過30℃，晚上不低於15℃，註意苗床通風減濕，及時分苗，發現病株立即拔除，帶出苗床深埋，處理好病穴。
(3)科學的田間管理。
保護地采用高畦栽培，覆蓋地膜，應用膜下微滴灌或滲灌技術。保護地設施應使用不滴膜，控制棚內溫濕度，及時通風，適當控制澆水，雨天避免澆水，澆水後及時排幹水分，盡可能防止露水凝結在葉片上，控制病害的發生。及時修剪耙平，及時清除病葉、病花、病果，清除下部無功能的老葉，改善通風透光條件，拔苗後及時清除病體，註意農業操作衛生，預防病害發生。在設施中，室外空氣應在陽光明媚的早晨在夜間釋放，以便迅速提高棚室的溫度。當溫度上升到30℃時，室外空氣應再次釋放。當溫度降至20℃時，應關閉排氣口以延緩溫度下降。夜間最低溫度應保持在12 ~ 15℃，以防止灰黴病的發生。合理密植，增施有機肥，配方施肥，科學灌溉，中耕除草，可促進植物健康生長，增加抗病能力。
(4)化學控制
在發病初期，可噴灑多菌靈、杜瑞銅、多菌靈、甘草和甲基硫菌靈。可以參考猝倒的防治。