間接來說，針葉樹或闊葉樹的多種共生菌，尤其是鵝膏菌、紅菇、牛肝菌，可以與松樹、冷杉、落葉松、橡樹的根部結合，替代根毛，甚至具有比植物根毛更強大的功能，幫助吸收水分和養分，對高山樹木的生存、生長和發育起著相當大的作用。
毒蘑菇也屬於腐生真菌，參與有機物的分解，在自然界的物質循環中具有重要意義；但少數種類的毒蘑菇是植物病原菌，會危害樹木，給人類帶來損失。
從直接關系來說，更明顯的是在醫學方面，民間流傳著很多秘方，比如追風、散寒、舒筋活絡等。在德國，用酒浸泡鵝膏來治療風濕痛就是壹個例子。
目前在科學研究中發現有180多種大型真菌具有明顯的抗癌作用，其中壹些對肉瘤和埃利希氏瘤有較強的抑制作用，而另壹些如細菌提取物，能抑制金黃色葡萄球菌和傷寒沙門氏菌的生長。
平菇中含有的神經毒素具有重要的藥理活性。例如，微毒的tricholomic acid具有強烈的香味，可以用作調味品。鵝膏中含有的有毒毒蕈毒素可用於殺滅蒼蠅，其衍生物也被用作殺蟲劑。而且有些毒素也可以用來殺死紅蜘蛛。
國外用真菌研究合成橡膠時，發現乳菇的子實體中含有毒蘑菇中的橡膠物質，將來可能作為橡膠生產的來源。毒蘑菇種類繁多，資源豐富。如果進行進壹步的調查和科學實驗，中毒的預防和廣泛應用在未來壹定會有所發展。