要說肺囊蟲，首先要知道氣囊，氣囊是家禽特有的呼吸結構。家禽主要是雞鴨鵝。氣囊是支氣管進入肺部後形成的分支。其主要功能是儲存空氣，參與呼吸。正常的安全氣囊儲存的空氣是壹個完整呼吸過程(壹次呼吸壹次吸氣)的十倍以上，所以這個儲存量還是比較大的，但是無論是呼吸還是吸氣，安全氣囊裏的空氣都會經過肺部。也就是說，當肺部呼吸時，外界的空氣，包括這些有益的或致病的微生物和病原體，都會到達氣囊。鳥類有九個氣囊，與中空的骨腔相連。鳥類與哺乳動物不同，沒有胸膈，所以壹旦發生胸氣囊的炎癥，很快就會擴散到腹腔，比如腹膜炎、腹氣囊炎，包括肝性心包炎。胸腔氣囊緊挨著心包，緊緊貼著心臟。因為氣囊覆蓋在肺上，心包旁邊，心包很快就會發炎，然後會發生肝炎周和腹膜炎。這是壹個序列，可以看作是壹個鑒別診斷，因為在其他疾病的氣囊炎癥中，比如大腸桿菌，可能先出現肝炎周、腹膜炎，或者同時出現氣囊炎癥，但是我們說的氣囊炎癥剛開始的時候，發生在胸部氣囊，然後心包炎是有序列順序的，所以臨床上很多技術人員會誤診。誤診的原因是把安全氣囊炎癥當成了大腸桿菌。壹般來說，胸部氣囊壹旦發炎，很快就會引起心包炎、肝炎周、腹膜炎。當由病毒或細菌引起時，會很快形成菌血癥，擴散至全身，進而發生敗血癥。肺囊蟲發生時會出現嚴重的肺循環障礙，首先是通氣障礙和換氣障礙。肺囊蟲發病時，氣管內有大量粘液，氣管受損。如果沒有損壞，就不會出現這麽多粘液。肺囊蟲早期會有壹些滲出液，氣泡，奶油狀的滲出液，更嚴重的會形成奶酪。奶酪會壓在肺部，肺部不會拉伸，空氣不會進入肺部。會形成非常嚴重的缺氧，常見到雞伸脖子，張嘴，尖叫，會造成大量窒息死亡。氣囊炎癥後期，常因缺氧出現大量腹水雞。
肺炎的病因也是多種多樣的，所以很多人覺得對最後壹批雞治療效果好的藥物對這次批發的病雞沒有效果，原因就是病因不同。
通常我們把大腸桿菌引起的肺囊蟲、肝炎周、腹膜炎稱為大腸桿菌病，但我們不稱之為肺囊蟲，因為大腸桿菌引起的這些疾病都可以被大腸桿菌治愈，包括心包炎、肝炎周、腹膜炎、輸卵管炎、關節炎、腦炎、肉芽腫，這些大腸桿菌病都可以被大腸桿菌治愈。
支原體引起的氣囊病變稱為慢性呼吸道疾病。這裏有壹個順序問題，就是大腸桿菌引起的肺炎，會和心包炎、肝炎周、腹膜炎同時發生。當大腸桿菌與支原體混合時，這種莢膜會變成黃白色，因為單純的大腸桿菌有白色的心包和肝包膜，與支原體混合時會變成黃色。
流感是肺炎發作中期不可避免的話題。在養雞的過程中，經常看到先感冒，出現呼吸道癥狀，然後是肺炎，也比較多。
病毒因素:傳染性支氣管炎，急性高傳染性病毒呼吸道，早上可能有幾只雞咳嗽，但到了晚上，所有大群都會在12-24小時出現呼吸道表現。支氣管炎感染雞後48小時，呼吸道上皮細胞會解體，粘液增多，壹般來說，寒冷季節會多壹點，導致氣管纖毛脫落，粘液增多，炎癥細胞會滲入肺部。
傳染性支氣管炎與流感混合時，常引起支氣管阻塞。傳染性支氣管炎和流感混在壹起，發病前幾天就會死亡，還有壹個就是氣管粘液增多，引起通氣障礙，然後就會出現奶酪栓子。這個時候傷亡會比較大。
肺囊蟲的發生離不開細菌性疾病的參與。大腸桿菌在肺囊蟲發病中有兩層含義。第壹種是如果是首要因素就能引起肺孢子蟲，另壹種主要是肺孢子蟲發病後期的大腸桿菌。大腸桿菌是所有動物消化道的常見細菌，原發性大腸桿菌病很少見。如果沒有病毒性疾病，大腸桿菌壹般沒什麽大問題。如果有人說他們雞場的大腸桿菌根本治不好，那是他們還沒找到真正的背景病，只是看到了大腸桿菌對心包和肝臟的保護作用。在治療咽鼓管炎的後期，最好通過藥敏試驗篩選大腸桿菌藥物，這樣可以很好的控制咽鼓管炎後期的死亡率。
支原體本身是壹種呼吸道病原體，主要引起呼吸道粘液增多，氣囊混濁，肺部局部壞死。應激也是引起氣囊炎癥的壹個主要原因，主要表現在兩個方面，壹是疫苗應激，二是冷應激。如果是早期，壹般在14日齡以後，雞群中？支原體引起的肺炎藥物有好的效果嗎？
真菌是引起肺囊蟲的重要原因，肺部呈深綠色。確診為真菌性肺炎時，可用肺炎藥物加黴菌藥物治愈，不加病毒藥物。真菌病的發生也與頻繁用藥有關。
有害氣體，通風不良
環境濕度不足，懸浮顆粒和灰塵被吸入肺部，引起肺部炎癥。
鼻氣管感染禽流感的外在表現非常相似。解剖後沒有流感，但氣囊有渾濁。現在大部分廠家針對氣囊炎癥的藥物都是針對禽流感的。
根據不同的癥狀采用不同的用藥方案:
優選大腸桿菌引起的肺囊蟲，但不包括心包和肝臟。
氣囊快速治愈+呼吸健康或力量。最好配合清瘟百度口服液。
氣囊快速處理:每代300公斤水
大腸桿菌引起的肺囊蟲，伴有心包肝
魏軍或桿菌清，聯合胡建或李強，第二療程鞏固用球囊快速治療。最好配合清瘟百度口服液。
支原體引起的肺囊蟲
呼喚健康或力量，最好配合清瘟百度口服液。
病毒引起的肺囊蟲
在上述基礎上，配合相應的病毒藥物(杜曉)。