預防:建立正常的飲食習慣，因為肛瘺與濕熱有關。對於油膩飲食，濕熱可內生，不宜多食。應多吃富含維生素的清淡食物，如綠豆、蘿蔔、冬瓜等新鮮蔬菜和水果。對於慢性肛瘺，多為虛證。多吃含蛋白質的食物，如瘦肉、牛肉、蘑菇等。
及時治療肛竇炎和肛乳頭炎，避免肛門直腸膿腫和肛瘺。有肛門灼熱不適、肛門墜脹者，應及時查找原因，及時治療。防治便秘和腹瀉對預防肛周膿腫具有重要意義，因為大便幹燥容易劃傷肛竇，再加上細菌的侵襲和感染。腹瀉患者多有直腸炎、肛竇炎，可進壹步發展炎癥。積極治療可能引起肛周膿腫的全身性疾病，如潰瘍性結腸炎、克羅恩病等。
培養良好的排便習慣，每天排便後洗澡，保持肛門清潔，對預防感染有積極作用。積極防治便秘和腹瀉。糞便堆積在直腸內容易堵塞肛隱窩，導致急性肛隱窩炎癥，最終會形成肛周膿腫。另外，大便幹硬，排便時容易劃傷肛隱窩，引起肛周感染。長期腹瀉還可刺激肛隱窩發炎，稀便容易進入肛隱窩，可誘發肛周感染。因此，防治便秘和腹瀉對預防肛周膿腫和肛瘺具有重要意義。
如果感到肛門不適或有灼熱感，應立即進行肛門坐浴，並及時就醫。
肛瘺的西醫治療
手術治療:肛瘺不能自愈，必須手術治療。手術治療的原則是徹底切開瘺口，必要時同時切斷瘺口周圍的瘢痕組織，使傷口自下而上逐漸愈合。根據瘺管的深度和彎曲程度，可選擇掛線療法、肛瘺切開或切除。少數病例可行肛瘺切除後壹期縫合或遊離植皮。
(1)掛線療法
這是瘺管的緩慢切開術。利用橡皮筋或藥線的機械作用(藥線仍有藥物腐蝕作用)，阻斷結紮部位組織的血供，逐漸壓迫空白，煞費苦心；同時，結紮線可作為瘺管的引流，使瘺管內的滲出物排出，防止急性感染。在表面組織切割的過程中，基底傷口同時開始逐漸愈合。這種逐漸切斷瘺管的方法，最大的優點是雖然切斷了肛門括約肌，但不會因為括約肌過度收縮而改變位置，壹般不會造成肛門失禁。
此法適用於距肛門3 ~ 5 cm以內的內外口低或高的單純性直瘺，或作為切開或切除復雜肛瘺的輔助方法:
1方法
(1)側臥位:首先在探頭末端系壹根橡皮筋，然後將探頭頭從瘺口外口向內輕輕探入，找到肛管齒線附近的內口；然後將食指伸入肛管，觸摸探頭，彎曲探頭，將其拉出肛口。插入探頭時註意不要使用暴力，以免造成假道。
⑵將探頭從瘺管內口完全拔出，使橡皮筋從瘺管外口進入瘺管。
(3)提起橡皮筋，切開瘺口內外口之間的皮膚層，紮緊橡皮筋，用止血鉗夾緊皮下組織；在止血鉗下用粗絲線紮緊橡皮筋，做雙重結紮，然後松開止血鉗。切口處敷凡士林紗布，術後每日用熱1∶5000高錳酸鉀溶液坐浴，換藥。壹般在術後10天左右用橡皮筋切開肛瘺組織，2 ~ 3周後傷口可愈合。
2.這種方法優點如下
⑴操作簡單、快捷、出血少。
⑵橡皮筋未脫落時，皮膚切口壹般不會“搭橋”。
(3)換藥方便。
3.保持吊線成功的關鍵點:
(1)要準確找到內口，壹般探頭穿過內口時，如果沒有出血，證明內口位置比較正確。
⑵傷口必須從基底部開始，使肛管內的傷口先愈合，防止表層皮膚過早粘連封閉。壹般橡皮筋在7 ~ 10d就能脫落。如果過了10d天還沒有脫落，說明用來綁橡皮筋的絲線松了，需要重新擰緊。
(2)肛瘺切開術
手術原則是徹底切開瘺口，充分去除切口兩側的瘢痕組織，使引流通暢，切口逐漸愈合。這種方法只適用於低位直形或弧形肛瘺。操作方法如下。
1.正確探查內口的操作與掛線療法相同。探完內口後，將探頭從肛門中拔出。如果瘺管彎曲或分支，探針無法探入內口，則從外口註入少許1%亞甲藍溶液確定內口位置，然後用開槽探針從外口探入，逐漸切開探查管道，直至探入內口。如果仔細探查後找不到內口，可將疑有病變的肛竇作為內口處理。
2.切開瘺管，完全切除邊緣組織。切開瘺的所有表面組織，從外口到內口和相應的肛門括約肌纖維。瘺管切開後，檢查有無分支管，如有則切開。瘺管完全切開後，腐爛的肉芽組織會被刮幹凈。壹般不需要切開整個瘺管，避免傷口過大。最後修剪傷口邊緣，使傷口呈V字形，底部有壹個小開口，便於傷口深處先愈合。
3.肛門括約肌切斷時，術中要仔細弄清探頭位置與肛門直腸環的關系。比如探頭進入肛門直腸環下方，雖然瘺管和大部分外括約肌以及對應的內括約肌都被切斷，但是因為保留了恥骨直腸肌，不會造成肛門失禁。比如探頭進入肛門直腸環以上的直腸(如括約肌上的肛瘺、括約肌外的肛瘺)，就不要做瘺管切開術，而要做掛線療法或掛線分期手術。第壹階段，切開或切除環下瘺管，環上瘺管用粗絲吊住，紮緊。第二次手術，在大部分外部傷口愈合後，將肛門直腸環粘連固定，然後沿絲線切開肛門直腸環。瘺管切開後，可用刮匙刮去後壁肉芽組織，壹般不需要取出，以減少出血，避免損傷後壁括約肌。切除的瘺管組織應送病理檢查。
4、傷口處理，術後傷口處理往往關系到手術的成敗，關鍵是要保持傷口從基底到表面的愈合。每天換藥壹次，最好是排便後，傷口內的填充敷料會逐漸減少，直到肛管內的傷口愈合。每隔幾天做壹次直腸指檢，可以擴張肛管，防止橋粘連，避免假愈合。
(3)肛瘺切除術不同於切開術，因為所有的瘺都被切除，直到獲得健康的組織。這種方法也適用於有纖維管道的低位肛瘺。方法:從瘺管外口註入1%亞甲藍，然後將探頭從外口輕輕插入，穿過內口。用組織鉗夾住外口皮膚，切開瘺口外口周圍的皮膚和皮下組織，然後用電刀或剪刀沿探頭方向將皮膚、皮下組織、染有亞甲藍的管壁、內口和瘺口周圍所有瘢痕組織切除，使傷口完全開放。仔細止血後，用碘仿紗布或凡士林紗布填塞傷口。
(4)肛瘺切除壹期縫合。這個方法從Tuttle(1903)開始，但未能推廣，可能是因為理論上不充分；操作結果不理想；許多肛腸外科醫生反對。到了1949，Starr又提出了這個方法，提出了壹些有效的措施，在推廣之前效果是令人滿意的。這種方法只適用於簡單或復雜的低位直肛瘺，如果瘺口呈硬繩狀效果更好。操作要點:
①術前準備腸道，術前術後應用抗生素，術後5 ~ 6天控制大便。
②所有瘺口都要切除，留下新鮮創口，保證不留肉芽組織和疤痕組織。
③不要過多去除皮膚和皮下脂肪，便於傷口縫合。所以高位彎曲的肛瘺不宜縫合，因為它的分支較多，往往需要切除過多的組織才能切斷其分支。
④各層傷口應完全縫合對齊，不留死角。
⑤術中嚴格無菌操作，防止汙染，如切瘺。基於國內文獻報道的1064例肛瘺切除縫合病例，壹期愈合率為73.4% ~ 97.6%，傷口愈合時間為20 ~ 22天。壹期愈合率低的患者多為並發高位肛瘺。
(5)肛瘺切除後植皮。肛瘺切除術後如傷口過大且表淺，無特殊並發癥，可考慮遊離植皮。手術前後需壹期縫合伴肛瘺切除。操作要點:
①創面要平整，出血要完全止住。
②遊離植皮區的皮膚應完全縫合並加壓固定，防止氣體或血液殘留在創面下，這是手術成功的重要措施之壹。
(3)如創面大量出血，應延期植皮，即先在創面敷凡士林紗布，2 ~ 3天後再做遊離植皮。休斯(1953)報告40例，其中30例完全成功，其余存活。Goliher (1975)報道22例，均為低位肛瘺，效果較差。只有13例完全存活。
(6)馬蹄形肛瘺的治療
應采用瘺管切開掛線療法。比如後馬蹄形肛瘺，首先從兩側外口插入開槽探頭，逐漸切開瘺口，直至兩側管道在後中線附近匯合，再用開槽探頭仔細探查內口。內口多在肛管後中線附近的齒線上。如果瘺口從肛管直腸環下通過，可壹次性將瘺口和外括約肌的皮下和淺表部分完全切斷。如果內口過高，瘺管從肛門直腸環上方通過，必須采用掛線療法。即切開外括約肌皮下部分和淺表部分下的瘺管，然後從剩余的管道口插入橡皮筋，經內口引出，系在肛門直腸環上，可避免壹次性切開肛門直腸環造成肛門失禁。然後切掉切口邊緣的皮膚和皮下組織打開傷口，刮掉瘺壁上的肉芽組織。傷口用碘仿或凡士林紗布填塞。
(7)滑動的粘膜瓣向前移動以關閉內口。
在瘺管和內口完全切除後，應用粘膜瓣修復直腸缺損，實際上包括直腸壁的部分厚度，以增加其強度。這種方法的優點:
①保留大部分括約肌，適用於直腸陰道瘺和高位跨括約肌肛瘺；
②瘢痕形成少；
(3)避免解剖畸形；
④不需要保護性腸造口分流。Aquilar等(1985)用此法治療高位跨括約肌肛瘺189例。復發率僅為2%，但內衣汙染和狹窄為8%，輕度排氣失禁為7%，大便失禁為6%。Wedell等(1987)報道30例，29例效果良好。Jones等人(1987)用這種方法治療克羅恩病引起的肛瘺，成功率只有57%，而沒有克羅恩病的人成功率更高。然而，壹些作者使用直接縫合內開口的方法。