最好的處理方法是種植後使用療效相對的藥物，在種植後的第2 ~ 3天用稀釋的藥物浸泡莖，效果較好。另壹個預防方法是辣椒苗的莖比較嫩，種植期間不要種太深。采用淺栽法。把秧苗放在洞裏，蓋上壹層薄薄的細土，也就是把秧苗蓋起來。這樣移栽可以起到很好的預防莖基腐病發生的作用。
種植前期，有條件的人要用遮陽棚降溫。盡量在高溫前完成慢苗。噴霧可以用來降低溫度。在營養全面和預防根部病害的情況下，建議使用5袋基肥粉作為基肥。種植不宜過深。提倡淺栽淺埋，防止根部脫膠。每次使用5公斤金耳顆粒，防止根腐病，促進新根形成，與殺菌劑結合靈活使用。枯樹現象應該得到有效改善。在炎熱的天氣裏，辣椒死亡的原因要麽是缺水，要麽是施肥過多。枯萎病和根腐病都是土傳病害，也就是土壤裏有細菌。當適宜的溫度和濕度相結合時，細菌會爆炸，侵染辣椒的根系，導致根系和莖的侵染，引起幼苗死亡的癥狀。
種植前，把土地翻深，在太陽下曬幾天。種植的時候用藥物也是好的。如果在成長過程中發現有任何癥狀，要及時服用補藥，控制病情發展。可以用100克多菌靈和50克異脲配90公斤水，每棵樹澆3-2次稀釋藥液，有很好的治療效果。記住，這在管理過程中也是非常重要的。應避免漫灌和田間積水，以免損傷辣椒根系和死苗。為了避免辣椒幼苗死亡，我們應該合理地給它們澆水。少量的水可以用來保持土壤水分和良好的透氣性。科學施肥，避免肥害，控制溫度，掌握以上幾點，對高溫下辣椒苗死亡有很好的預防作用。