如果肺大皰較大且局限，影響肺功能，患者運動後有明顯的哮喘癥狀，就要考慮手術治療。如果病人的水皰非常大，沒有手術指征，水皰不能根治。因此，應根據肺大皰的大小、臨床表現和對患者的影響來決定如何治療肺大皰，但手術治療是處理肺大皰的主要方法。
肺部水皰實際上是壹種臨床病理表現。事實上，肺氣腫的肺破裂並融合成大氣囊。如何治療主要看病情的嚴重程度和患者自身的體質。大部分可以通過內科治療，輕微的、比較小的、很少的水皰往往可以治愈。如擴張支氣管的藥物可用於緩解肺大皰引起的呼吸功能不全，口服復方甲氧那明膠囊可擴張氣道，改善肺通氣。合並細菌感染時，應盡早使用敏感抗生素，反復內科治療效果不明顯，甚至肺功能急劇下降。可以選擇手術切除肺大皰，修復肺黏膜，使肺功能達到相對正常的狀態。
肺上的水皰常見於肺囊腫，具體治療取決於臨床癥狀的嚴重程度和對患者的影響。肺囊腫的疾病是壹種良性疾病，大多數患者沒有相應的臨床癥狀，因此大多數患者不需要治療。但如果發生感染並引起咳嗽、咳痰、發熱等癥狀，可使用抗生素、退熱藥物進行治療。對於壹些反復發作的感染或肺囊腫，患者可以先進行手術切除，包括胸腔鏡手術和開胸手術。