正是由於彼得·帕克等美國傳教士和中國商人的鼓動，以及《中英聯合聲明》和《南京條約》簽訂後給他們帶來的“興奮”，美國政府認為有必要派使節來華與清政府談判。經過壹段時間的準備，迦勒·庫欣在1843的夏天來到了中國。在1844年7月中美簽訂《王霞條約》的過程中，彼得·帕克不僅擔任了凱萊布·庫欣的翻譯之壹，還擔任了凱萊布·庫欣的謀士，出謀劃策，成為凱萊布·庫欣制華的重要助手。也正是因為這些原因，他從1844開始在當時的美國駐廣州大使館工作，從1845到1855擔任美國駐華大使館第壹參贊，期間三次擔任代理公使，從1855到1857正式擔任美國駐華公使。第二次鴉片戰爭前，他與英法俄聯合要求清政府“修改條約”，試圖擴大侵華權益。第二次鴉片戰爭期間，英法聯軍侵略中國，他還主張美國出兵占領中國的領土——臺灣省島。彼得·帕克卸任回國8月1857。1879後，任美國中華醫學傳教會會長。彼得·帕克在中英鴉片戰爭前夕來到中國。當時清政府采取閉關鎖國政策，國民經濟體系是壹個龐大的自給自足的經濟體系，西方的剩余資本和剩余產品很難進入中國。另壹方面，由於西方國家對中國茶葉和生絲的巨大需求，中國成為外貿超級大國。這使得那些急於打開中國市場的西方國家感到沮喪，並試圖盡力打破這壹困境，以滿足其數百年來突飛猛進的經濟擴張需求。於是，鴉片貿易成為突破中國政治經濟防線的力量，鴉片大量流入中國，極大地損害了中國人民的體質和精神，給清政府帶來了巨大的經濟和政治危機。
1839年初，清廷派林則徐作為欽差大臣赴廣州禁絕鴉片。英國鴉片販子敷衍他，不願意交出全部鴉片。於是林則徐在3月24日派兵包圍了“義亭”，當時有300多名外國人被困，其中包括彼得·帕克。經過壹番對抗，三天後，“關彜”領事法讓步，於是英國商人陸續被勒令繳清鴉片，不久英國華僑也全部撤到港澳。由於林則徐強硬禁煙，清政府與西方國家關系緊張。1840年春，英國決定出兵中國。6月，英國軍艦抵達廣東沿海，鴉片戰爭爆發。
當英國華僑撤到香港和澳門的時候，彼得·帕克壹個人留在廣州，醫院仍然開著。到6月1840，已有近萬人來醫院就醫。由於醫術高超，他在廣東從民間到官方都很有名氣，與國內的官員也有很多接觸。就連林則徐也是先讓他給抽鴉片的人開藥，再讓他給自己治疝氣。林則徐有疝氣病，但來到廣州後，積勞成疾，舊病復發。7月，林則徐派人與彼得·帕克取得聯系，向他請教兩件事:壹是西方有沒有戒鴉片的特效藥；第二，是否能治療疝氣。前者是公有的，後者是私有的。彼得·帕克回答說，沒有特效藥可以戒掉鴉片癮，但有治療疝氣的方法，但病人要親自來，因為他要為病人量身定做壹條疝氣帶。作為欽差大臣，林則徐覺得把自己身體的私處給外國人看不好，是“官”，於是找了壹個身材差不多的人做替身，派他去見彼得·帕克。彼得·帕克雖然很難理解林則徐的做法，但還是為林則徐建了壹份病歷，上面寫著:“病歷第6565號，疝氣，林則徐是欽差。”並診斷了他的病情，托人帶了藥和疝氣帶。經過彼得·帕克的治療，林則徐的病情明顯好轉。
彼得·帕克隨後向林則徐提供了詳細的鴉片危害治療資料，還提供了海外資料供林搜集和幫助翻譯書報。《萬國公法》的片段翻譯是由彼得·帕克完成的。這些資料對林則徐等開明官員開闊眼界、研究西方文明、進行外交和戰爭決策起到了壹定的作用。此外，彼得·帕克曾派林則徐去見他的使者，並送給林則徐壹張地圖、壹本地理書和壹個地球儀。
1839年7月，彼得·帕克給林則徐寫了壹封信，信中闡述了他對中英兩國局勢的看法。毫無疑問，彼得·帕克是壹個反對鴉片毒害人的人。他對林則徐禁煙的立場和中國人民的苦難深表理解和同情。他自稱“特別是中國的朋友”，並表達了對“抽鴉片者”的憎惡；稱贊林則徐“誠實、愛國、善良”。但他勸林則徐放棄激烈的反英行動，試圖緩和中英緊張關系。同時，他也直言不諱地指出，林則徐對西方法律和國際慣例的不了解可能導致嚴重後果，並表示願意調解中英之間的矛盾。最後，他希望通過“體面條約”的形式規範中外關系，達到中國對外開放的目的。這大概是第壹次有人向中國官員建議，放棄閉關鎖國的國策，對外開放，與其他國家建立新型的國與國關系。不管彼得·帕克當時的主觀動機如何，這個提議都有著深遠的意義。盡管在當時的歷史條件下，林則徐和清政府未能接受彼得·帕克的建議，但它仍然對中國未來的政治演變產生了影響。彼得·帕克的這封信，加上他主動與林則徐聯系，顯示了彼得·帕克希望通過影響中國統治階級上層來建立中西新型關系，改變中國基本國策的願望。據史料記載，林則徐收到過彼得·帕克的信，但他沒有回信。也許是林則徐，考慮到中西之間嚴峻復雜的形勢，不應該相見。兩個月後，鴉片戰爭爆發，彼得·帕克不得不關閉他的仁濟醫院，離開廣州前往澳門。三個月後，林則徐也被免職。到1842，鴉片戰爭終於以清政府的失敗，南京條約的簽訂，割讓土地賠款而結束。彼得帕克的仁濟醫院在鴉片戰爭期間被人民燒毀。戰後，彼得·帕克重開醫院，並積極從事外交和政治活動。隨著他參與政治和外交活動的加深，他對中華民族的反對也加深了。1844年，中美在澳門王霞村談判《王霞條約》時，彼得·帕克受聘為美國特使凱萊布·顧盛的兼職秘書兼中文翻譯。《王霞條約》,也被稱為《中美五港貿易憲章》,是由當時的兩廣總督應談判達成的，他曾受到彼得·帕克的款待。由於彼得·帕克精通中文，熟悉中國的情況，又通過行醫結識了中國官員，給他的談判工作帶來了諸多便利。最初，在第壹次鴉片戰爭後簽訂的《南京條約》中，沒有關於傳教工作的條款。這壹次，在彼得·帕克等人的努力下，《王霞條約》增加了在中國傳教的自由，對清政府放寬基督教政策產生了直接影響。尤其是他與十三行大亨潘石城等中國顧問的密切交往，促成了傳教士條款的訂立和條約的簽訂。
由於彼得·帕克越來越多地參與美國的政治和外交事務，他與美國教育部的關系緊張。1845年，他最終被迫辭職，美國教育部也終止了他作為該使團傳教士的資格，理由是彼得·帕克在醫療工作和外交事務上花費了太多時間，忽視了傳教工作。同年，彼得·帕克接受美國總統約翰·泰勒的任命，成為美國駐華外交代表。1855年，美國政府正式任命他為駐華全權大使。從此，仁濟醫院交由美國北長老會傳教士約翰·克爾博士管理。1859年遷址，更名為“廣東醫院”。彼得·帕克主張強外交，建議美國占領臺灣省，以維持“均勢”，並與英法聯合提出修改條約，為美國爭取更大利益。