泥鰍全身都是粘液，比較細長，處理起來會比較麻煩。農村煮泥鰍，往往是將泥鰍表面直接洗凈後直接下鍋煮，或湯中煮，或油炸。所以有些人吃泥鰍不處理內臟。
但也有人怕泥鰍含有寄生蟲或吸收重金屬，對人體有害，所以認為還是處理內臟比較好。比較簡單的方法是把買來的泥鰍放在清水裏養幾天，在清水裏加壹點香油或者撒壹點鹽，加快泥鰍吐出來的速度，泥鰍如果壹直吐水，會盡快把肚子裏的臟東西吐出來，這樣泥鰍會更幹凈，更健康。
如果要對泥鰍做進壹步的處理，就要把泥鰍的內臟取出來。由於泥鰍體表含有豐富的粘液，所以打開後很難握住。這時候就要在泥鰍表面撒點鹽，然後放入開水中十秒鐘就可以撈起來了，這樣泥鰍表面的粘液就會消失。於是，找壹塊平整光滑的木板和壹個釘子，把它釘進泥鰍的腦袋裏，然後紮進木板把泥鰍固定住，再從後面往它的尾巴上取壹把尖刀，然後把內臟等物質取出來。
或者找壹根細鐵絲，壹頭彎成小鉤，另壹頭彎成小圈，在手指上套壹個小圈套，用刀直接把泥鰍的頭切下來，然後把帶小鉤的鐵絲伸進泥鰍的肚子裏，用力壹鉤，泥鰍肚子裏的臟東西就全出來了，再用清水沖洗幹凈。