糞便的加工處理方法有很多種，包括物理方法、化學方法、微生物發酵方法和綜合方法。外來方法和本土方法，古今方法並存，各有利弊，要因地制宜。傳統的糞肥發酵作肥料的方法是讓其自然堆積發酵5~6個月，用作飼料大約需要20天或壹個月，這樣散發出臭味，不僅汙染環境，而且造成營養物質大量流失。利用微生物發酵處理糞便，不僅可以加快發酵進程，縮短發酵時間，防止浪費，提高糞便的營養價值；而且可以利用發酵產生溫度來烘幹糞便，節省能耗，成本低廉，操作簡單，易於推廣，受到用戶的歡迎。該方法適用於處理動物糞便，如雞糞、豬糞、牛糞、鴨糞、鵪鶉糞、兔糞、鴿糞等。。
發酵方式:1)發酵原料:健康新鮮的糞便。
2)工具:攪拌機；塑料容器或水泥池(或坑上塑料薄膜)；塑料薄膜；破碎機(普通農用型)；鏟子。
3)發酵菌種:農生樂em發酵劑。
4)比例:配方1:幹糞1000 kg，農生樂em菌液體發酵劑3-5kg；配方二:濕糞700公斤，麥麩或稻糠或稭稈粉300公斤，農生樂em菌液體發酵劑3-5公斤。
5)操作程序:
①按比例準備1，000公斤發酵原料，為發酵原料備用；
②將3-5公斤農生樂em菌液體發酵劑倒入350公斤水中稀釋並攪拌均勻。稀釋水優選為井水或河水。如果是自來水，請放置24小時後再使用；
(3)如果有攪拌機，可將糞便攪拌2分鐘，然後倒入稀釋的發酵液，攪拌6分鐘；無攪拌器:按由少到多的原則用鏟子攪拌，即先將稀釋的發酵液倒入少量發酵原料中攪拌均勻至無結塊，再將攪拌好的少量發酵原料倒入剩余發酵原料中攪拌均勻至無結塊；(註:稀釋用的水量應根據發酵原料的幹濕程度增減。稀釋後的發酵液應為發酵原料的35%左右，用手攪拌成球。如果看到水在指縫間沒有滴落，不如放手，散去。註意:水太多容易酸，太少發酵不徹底。如果發酵原料是濕的，稀釋用水要減少。)
(4)將混合好的發酵原料放入塑料容器或水泥池(或坑內塑料薄膜)，最後填實壓實，排氣後用塑料薄膜密封。適宜溫度25-35℃，發酵時間5-10天(壹般夏季5天，春秋7天，冬季10天)。註意溫度和時間的控制。
發酵糞便的使用:
1，可用於養殖魚蝦，不汙染水質，可作為魚蝦飼料和肥料產品；
2、可用於養殖黃粉蟲、蠅蛆和蚯蚓，建立生態養殖模式；
3.可以制作種植、花卉等生物有機肥。
4.糞便發酵作為有機肥料可以增強作物的抗病性。肥料發酵劑產品中有機物的發酵處理過程中，伴隨著大量微生物的快速繁殖和壹系列復雜的生化反應過程，微生物會產生大量特定的代謝產物(如酶、激素、抗生素等，這些物質是生物本身自然產生的，不是外來的化學激素抗生素，只有好處沒有任何毒副作用)，其中激素可以刺激作物的快速生長發育；抗生素能明顯抑制土傳細菌的傳播，提高作物的抗病性和抗逆性。而未經發酵處理的粗制有機肥不僅不具備這些優勢，還會因其本身的病原菌而成為傳播農作物病害的主要傳染源。因此，這些產品發酵後抗病性好，是值得推薦的好方法，節約農藥成本，提高經濟效益。
5.糞便發酵劑可以發酵糞便作為豬、魚等的飼料。，變糞肥為寶！