1.手術方式和範圍應根據病變範圍和患者具體情況確定。壹般病變較輕(如真菌球、過敏性真菌性鼻-鼻竇炎、慢性侵襲性真菌性鼻-鼻竇炎)的患者，可采用鼻內鏡手術徹底切除病變及病變組織，保留正常黏膜，創造寬敞的鼻竇通氣引流。如果病情嚴重，病變範圍較廣，可采用考-陸二氏手術、鼻側切開術或聯合鼻內鏡手術。當病變累及腦部時，可采用顱面手術，術前可用抗真菌藥物，術後可用抗真菌藥物沖洗鼻腔和鼻竇。
中藥療法:中藥常用於治療真菌性鼻竇炎。中草藥配方:蒼耳子30克、辛夷20克、黃芩35克、阿莎麗4克、白芷20克、龍膽草10克等。精挑細選，晾、磨、外用，每日兩次，對真菌性鼻竇炎療效確切。
2.藥物療法
(1)急性侵襲性真菌性鼻-鼻竇炎手術後，必須使用抗真菌藥物。伊曲康唑和B(兩性黴素B)是常用的抗真菌藥物，劑量可根據病情和患者耐受情況而定。手術和兩性黴素B治療後病情得到控制或較輕的患者，可口服酮康唑或伊曲康唑。
(2)糖皮質激素是變應性真菌性鼻-鼻竇炎手術後非常重要的輔助治療。激素應用劑量為潑尼松30 mg/d ~ 40 mg/d。口服壹周後劑量減半，繼續服用壹個月，然後是0.2。
mg/(kg·d)4個月，然後0.1mg/(kg·d)2個月，同時使用合成長效類固醇鼻腔噴霧。有報道稱，真菌灌註免疫療法可減少術後激素的用量，降低過敏性真菌性鼻竇炎的復發率。
3.對癥支持治療可以增強抵抗力，恢復免疫功能，治療原發病，停用抗生素和免疫抑制劑。如有必要，輸註全血或血漿。