壹、胃痛、反酸、胃寒痛、吞酸、嘔吐、胸悶等癥狀，可用於暖胃散寒，減輕不良反應，止嘔。常與生姜、半夏、高良姜、藿香、砂仁同用。對於肝氣郁熱，肝火犯胃，引起酸吐胃痛者，可與黃連(黃連用量為吳茱萸的5倍)同用疏肝，故稱左金丸。
二、脾腎虧虛及脾腎虧寒引起的腹瀉主要表現為黎明時腹部響痛，立即上廁所腹瀉，或伴有腰酸腿冷，腹部溫熱。本品辛溫入腎，能祛小腹寒氣。常與補骨脂、五味子、肉豆蔻(申思丸)同用。這四種藥物為主藥，再適當搭配壹些相應的藥物，確實有效。我常用炒白術、茯苓、黨參、木香、炒白芍、炒檳榔、炒黃柏、廚土(代水煎服)等加入申思丸。可用於慢性腸炎、腸功能紊亂等疾病，並能達到壹定療效，僅供參考。
第三，疝氣痛，肝腎寒冷引起的睪丸痛等。，可與烏藥、青皮、川楝子、橘子籽、茴香、肉桂、荔枝核壹起使用。
4.痛經:子宮寒冷，導致月經不發達，血少而暗，腹痛。可與川芎、當歸、紅花、桃仁、香附、小茴香、牛膝、熟地、肉桂配伍使用。根據現代研究，本品具有收縮子宮的功能。半夏止嘔，胃氣不和，中焦濕熱；吳茱萸可止脾胃虛寒引起的嘔吐，還可治厥陰頭痛(頭頂頭痛，嘔吐流涎)。川椒偏治腎火下降，腎經空調上升趨勢；吳茱萸可治陰濁、肝經厥脫、氣升，並能降熱，故可用於治療上火所致的舌苔、口瘡。山茱萸滋養厥陰(肝經)的陰液，溫肝補腎，止汗遺精；吳茱萸開厥陰氣滯，溫肝脾，降逆止寒嘔。用量壹般；特殊重疾可用。凡燥熱之證，皆禁忌。
“祛寒降氣殺蟲第壹藥”:花椒的功能與用法
川椒味辛，性熱，有溫中散寒、降氣殺蟲之功。感冒引起的胃痛、腹痛、腹脹，可用幹姜、黨參(人參)、麥芽糖(大建中湯)、高良姜、香附配伍。根據動物實驗，本品所含的少量揮發油持續增強離體腸的蠕動，大量則有抑制作用。川椒配以蓽茇、附子、羌活、獨活、草烏等。，泡酒外敷，可用於關節痛。蛔蟲引起的腹痛嘔吐，常與烏梅、黃連、黃柏、阿莎麗、桂枝、附子、幹姜、當歸(傷寒論吳梅丸)同用。
本品可用於皮膚濕疹、風濕及四肢疼痛等。附《四川椒目》:椒目味硬寒。入腎行水，可利小便，消水腫，除積水。常與茯苓皮、大腹皮、檳榔、赤小豆、澤瀉、木通同用。筆者曾用“椒目瓜蔞湯”(“益春意”)治療滲出性胸膜炎、胸腔積液數例，取得良好效果。我常用的方子有:花椒、桑白皮、葶藶子、澤瀉、豬苓、茯苓、車前子(布包)、杏仁、蒺藜、枳殼、冬瓜皮、桂枝。供參考。川椒網的用量可以稍大。陰虛火旺者勿用。