煙草花葉病毒(TMV)是春季溫室的主要病毒，黃瓜花葉病毒(CMV)是秋季溫室的主要病毒，通過種子和土壤傳播，主要通過接觸傳播。高溫幹旱，缺水缺肥都會生大病。
預防和治療病毒性疾病的措施:
農業防治:選擇抗病品種；實行2 ~ 3季輪作；選擇無病種子並消毒；加強栽培管理:培育健康無病害的幼苗；增加施用優質有機肥和磷鉀肥，增強植物抗逆性；高溫幹旱季節應加強肥水管理；使用銀灰色薄膜避免蚜蟲或化學處理蚜蟲。
生物防治:減毒疫苗n14主要用於防治煙草花葉病毒(TMV)侵染引起的病毒病，具有壹定的免疫保護作用。用法:將番茄分成兩片真葉時，洗凈根部的泥土，將根部浸泡在n14的100倍溶液中30分鐘，或用手蘸n 100倍溶液在子葉上輕輕擦拭接種。也可以用7 ~ 9根9號縫衣針紮住筷子頭，浸入n14的100倍液中進行接種。或者，可將n14用毒水稀釋50倍，在番茄有2 ~ 3片真葉時，以4 kg/m2噴施。衛星病毒疫苗s52用於防治黃瓜花葉病毒(CMV)感染引起的病毒病，使用方法同減毒疫苗n14。如果s52與n14等量混合，防治效果會更好。
化學防治:發病初期噴霧防治。在發病初期(5 ~ 6葉期)，用3.85%的比克wp500倍液葉面噴施該藥劑，每7天噴施1次，連續噴施3次，對番茄病毒病的防治效果可達75% ~ 80%；也可噴灑1.5%植物檢疫靈800倍液或20%病毒a500倍液，對病毒病防治效果可達70%左右。也可用5%細菌毒素水溶液400倍液或高錳酸鉀1000倍液噴灑，另外還可噴灑50 ~100 mg/kg和65000 mg/kg的增產靈。