蜜蜂的主要天敵有黃蜂、蟾蜍、鳥類、蜘蛛、螞蟻和蟑螂。意大利蜜蜂最大的害蟲是蟎蟲，中國蜜蜂最大的害蟲是窩蟲。防治起來很麻煩，讓養蜂人很頭疼。飼養意大利蜜蜂必須定期控制蟎蟲的侵擾。蟎蟲存在於自然界。當蜜蜂采集花朵時，它們很容易附著在花朵上並帶回蜂巢。殺蟲和清巢也會帶來另壹次爆發，所以幾乎每壹個大蜜源，意大利蜜蜂都要防蟎。
中間的蜂巢蟲是從外面帶進來的。有壹種蠟螟，喜歡吃蜂蠟，晚上會趁機鉆進蜂巢產卵。卵孵化成窩蟲，吃窩脾咬蛹，對蜜蜂危害很大。控制方法的關鍵是讓蜂群密集，工蜂有足夠的清潔能力，讓蠟螟產下的卵能及時清理出去，不能孵化出來，對蜂群造成危害。另外，蜂巢壹定要嚴密，不能有蠟螟鉆進去的洞和縫隙。
巢門要盡量小，防止蠟螟進入。蜂巢內不能有燈光，會引來大量蠟螟，蜂巢不堪重負。養蜂人要註意清理蜂箱底部的蠟屑，換脾使蜂群幹凈，盡量使用新脾使巢卵無藏身之地，以免受到傷害。現在有治療這種疾病的藥物，如超初晴。然而，用藥物很難治愈窩蟲。強化治療是必要的。而黃蜂，不管是意大利的還是中國的，都是有害的。除了對馬蜂的無情捕殺，唯壹的防範方法就是想辦法清馬蜂窩。
或者抓幾只活的大黃蜂，用劇毒農藥粉粘在背上，讓大黃蜂飛回蜂巢，毒入蜂巢，全部殺死。也可以用網袋把蜜蜂擋在蜂箱門外，但工蜂可以正常進出。癩蛤蟆只在晚上出來，跑到蜂巢門口，吃掉守在外面的工蜂。除了每天晚上定時抓蟾蜍，解決辦法就是把蜂巢擡高，讓蟾蜍無法靠近門口，這樣蜜蜂就不會被吃掉了。至於鳥和蜻蜓，也擅長吃飛蜂。但是我們真的沒辦法。