附睪炎的基本藥物是抗生素，如下:
1，急性附睪炎:非特異性急性附睪炎可先用廣譜抗生素治療，然後根據細菌培養和抗菌藥物敏感試驗確定抗菌藥物的選擇。療程為4 ~ 6周。如果病情較輕，可口服復方磺胺甲惡唑；如果病情嚴重，應盡快靜脈用藥，然後改口服抗生素。衣原體患者，口服多西環素或左氧氟沙星；對於性病患者，可采用肌肉註射頭孢曲松和口服多西環素；淋球菌菌尿患者可口服環丙沙星或左氧氟沙星；病原體不明的患者，可以肌肉註射頭孢曲松和氧氟沙星。疼痛患者可選用布洛芬、吲哚美辛等止痛藥。如意黃金粉可與香油混合均勻，塗於陰囊，達到消炎止痛的效果。對於疼痛較重的患者，可采用0.5%利多卡因作為精索封閉劑減輕疼痛。
2.慢性附睪炎:目前壹般認為慢性附睪炎是壹種自限性疾病，但其癥狀的緩解需要幾年甚至幾十年的時間，所以壹般是對癥治療，包括熱敷和理療，急性發作時可使用抗生素。如果合並慢性前列腺炎，可以選擇復方磺胺甲噁唑和左氧氟沙星口服，也可以選擇頭孢曲松、紅黴素和多西環素口服6-8周。對於抗菌藥物治療效果不佳者，可適當使用復方磺胺甲惡唑，不良反應少，無耐藥性。此外，中成藥也是可選的治療方法之壹，比較常見的藥物有六味地黃丸和癃閉舒膠囊。
急性附睪炎需要臥床休息和陰囊提升。前期可在附睪上放置冰袋消腫，後期可熱敷加速炎癥消退，避免性生活和體力活動，因為兩者均可加重病情。膿腫形成需要切開引流。如果慢性附睪炎疼痛劇烈，反復發作，炎癥來自尿路感染，保守治療無效，可在非急性期行同側輸精管結紮術或附睪、輸精管結紮術，預防細菌反流引起的急性附睪炎。