腸道菌群可以通過健康飲食來調節，少吃避免抗生素，補充足夠的益生菌。腸道菌群失調最常見的原因是營養失調和維生素缺乏。此外，急性感染、長期激素治療、X線照射、使用廣譜抗生素、尿毒癥等都是腸道菌群失調的常見原因。腸道菌群失調後容易出現腹瀉或便秘，嚴重時可出現休克，需要對腸道菌群失調引起足夠的重視。
首先，通過飲食調整，吃蔬菜和澱粉的人有益菌比例會增加，吃肉的人消化的蛋白菌比例大，對人體有害。日常飲食以低脂、低蛋白、高纖維、低糖食物為主。
盡可能避免或減少抗生素的使用，有利於腸道菌群的恢復。調節腸道菌群最簡單的方法就是補充益生菌或者多吃含益生菌的食物，比如酸奶。
同時，如果腸道菌群失調嚴重，最好在專科醫生的指導下到醫院進行相關檢查和治療。
培養更健康的菌群，最好的方法就是平衡飲食，補充身體缺乏的維生素和膳食纖維，給腸道細菌“餵食”，維持菌群的活力。
可以多吃以下材料:中醫的薏苡仁、芡實；白菜、大白菜、上海青、西蘭花等蔬菜；蘋果和鱷梨等水果。
而且大魚大肉不值得提倡。畢竟辛辣油膩的食物不僅不利於菌群的生長，還會導致肥胖和三高。
經常吃富含維生素和纖維的食物的人，也會發現腸道內的菌群更有活力，遺傳多樣性更強，所以致病菌更少。
其次，保持規律的飲食和作息，有自己固定的吃飯時間和生物鐘。現在很多上班族因為工作太忙，經常忘記吃早餐，吃宵夜不吃正餐。宵夜不清淡不油膩，更有甚者，熬夜。從而導致腸道菌群紊亂，內分泌失調，疾病。