1，壹般治療:病變活動期應住院休息治療。註意加強營養，糾正代謝紊亂，改善貧血和低蛋白血癥癥狀。
2.柳氮磺胺吡啶是輕中度克羅恩病的主要治療藥物:初始劑量為1。口服，每日4次；維持劑量為0.5g，每日4次，口服。但有壹些副作用，如白細胞減少、皮疹和肝功能損害，應密切觀察。發現與糖皮質激素聯用可提高療效。
3.抗菌藥物:如有繼發感染或失明綜合征，可口服氨芐西林或苯唑西林1.5-2.0 g，每日4次；慶大黴素也可以8萬單位，壹天兩次，肌肉註射。據最新報道，有人在急性期使用甲硝唑治療克羅恩病。劑量為0.2-0.4g，每日3次，口服。也有人用替硝唑治療，效果滿意。
4.免疫抑制劑:
(1)大多數中重度克羅恩病需要糖皮質激素:急性活動期，潑尼松10-20mg，每日3次，可口服。效果很理想。但仍可復發，所以緩解後6-8周內應逐漸減量，然後停藥，聯合其他藥物減少復發。如果不適合口服，氫化可的松200-300mg，靜脈滴註，1次/天。註意此藥不宜長期使用，以免產生副作用。
(2)硫唑嘌呤:每日1.5 mg/kg，口服。如與糖皮質激素聯合應用，可增強療效，減少糖皮質激素用量。
英夫利昔單抗是壹種TNFα拮抗劑(IgG1單克隆抗體)，是唯壹被證明對伴有瘺或竇形成的克羅恩病有效的藥物。但依那西普無效。
5、手術治療:
大多數患者，尤其是患有小腸疾病的患者，將需要手術。但克羅恩病不能通過手術治愈，術後復發率高。因此，手術主要是治療其並發癥，如腸梗阻、瘺管或竇道形成、腹腔內感染、腸道出血等；此外，還有不能排除的闌尾炎和疑似惡變者。