豆腐只有以下缺點。但相比較而言，還是有很多優勢的。
1:引起消化不良:豆腐含有豐富的蛋白質。壹次吃太多不僅阻礙鐵的吸收，還容易導致蛋白質的消化不良、腹脹、腹瀉等不適癥狀。
2.促進腎功能下降:正常情況下，蛋白質這種人在體內吃的植物，經過代謝變化，大部分變成含氮廢物，由腎臟排出體外。人到老年，腎臟排泄廢物的能力下降。這時，如果不註意飲食，大量吃豆腐，攝入過多的植物性蛋白質，勢必增加體內產生的含氮廢物，加重腎臟負擔，使腎功能進壹步下降，不利於健康。
3.促進動脈硬化的形成:美國醫學專家指出，豆制品中含有極其豐富的蛋氨酸，在酶的作用下可轉化為半胱氨酸。半胱氨酸可損傷動脈壁內皮細胞，容易使膽固醇和甘油三酯沈積在動脈壁上，從而促進動脈硬化的形成。
4.導致碘缺乏:制作豆腐的黃豆中含有壹種叫皂角苷的物質，不僅能預防動脈粥樣硬化，還能促進人體內碘的排泄。長期過量食用豆腐容易導致碘缺乏，導致碘缺乏病。
5.促進痛風發作:豆腐含嘌呤較多，嘌呤代謝異常的痛風患者和血尿酸濃度升高的患者容易痛風發作，尤其是痛風患者應少吃。
可見，豆腐雖好，但也不能天天吃，不能壹次做過頭。老年人和腎病、缺鐵性貧血、痛風、動脈硬化患者要控制飲食。中醫認為豆腐性寒，胃寒的人，容易腹瀉、腹脹、脾虛腎虛經常遺精的人不宜多吃。