1.壹般療法
(1)大量飲水可能會導致小結石被大量尿液推動沖洗，尿液的增多也會有助於控制感染。
(2)根據結石種類和尿液酸堿度調整飲食構成。草酸鈣結石患者應避免高草酸飲食，限制菠菜、甜菜、西紅柿、堅果、可可、巧克力等食物的攝入。特發性高鈣尿癥患者應限制鈣的攝入。低鹽飲食，控制鈉攝入。尿酸高的人要吃低嘌呤飲食，避免吃動物內臟，少吃魚和咖啡。
(3)除病理因素引起的泌尿系結石誘因外，還應積極治療原發病。積極治療結石形成的原因，防止結石的形成和復發。
2.對癥治療
(1) M型膽堿能受體阻滯劑能松弛輸尿管平滑肌，解除痙攣。肌內註射黃體酮可抑制平滑肌收縮，緩解痙攣，對止痛和排石有壹定作用。鈣阻滯劑硝苯地平對緩解腎絞痛有壹定作用；α-受體阻滯劑在緩解輸尿管平滑肌痙攣和治療腎絞痛方面有壹定療效。
(2)控制感染結石引起的尿路梗阻時，易發生感染，感染尿中常形成磷酸銨鎂結石，加重病情。除積極排石解除梗阻外，還應使用抗生素控制或預防尿路感染。
(3)血尿明顯時可使用羥苯芐胺或氨甲環酸。
3.根據不同的成分和病因進行治療。
(1)高鈣尿癥①噻嗪類和枸櫞酸鉀可用於原發性高鈣尿癥，吸收性高鈣尿癥除噻嗪類和枸櫞酸鉀外需用磷酸鈉，不能耐受這些藥物者需用磷酸鈉，血磷降低者需用正磷酸鹽。②高鈣血癥應積極治療伴發疾病。當出現高鈣血癥危象時，需要緊急處理。首先用生理鹽水盡快擴容，用呋塞米增加尿鈣排泄。二磷酸鹽是治療高鈣血癥的主要藥物，能有效抑制破骨細胞活性，減少骨吸收。當患者原發性甲狀旁腺功能亢進伴有癥狀性高鈣血癥或無癥狀性腎結石時，手術切除甲狀旁腺是首選。當患者有癥狀性或梗阻性腎結石時，在沒有高鈣血癥危象的情況下，應首先治療結石。
(2)腎小管酸中毒主要用堿性藥物減緩結石的生長和新結石的形成，糾正代謝紊亂。
(3)原發性高草酸尿癥治療困難。可以嘗試維生素B6，從小劑量開始，隨著效果的減弱而增加。同時，多喝水，限制富含草酸的食物，可使尿中草酸水平降至正常。
(4)高尿酸低嘌呤食物和大量飲水可降低尿中尿酸濃度。
(5)因高胱氨酸尿癥應適當限制蛋白質的飲食，並應用減少胱氨酸的巰基藥物治療。
(6)根據患者病情取出感染結石，選擇合適的抗生素控制尿路感染。
4.外科療法
當藥物不能緩解疼痛或結石直徑較大時，應考慮手術治療措施。包括:①體外沖擊波碎石術(ESWL)治療。②輸尿管內支架置入術也可結合ESWL治療。③輸尿管鏡碎石術。④經皮腎鏡取石術。⑤腹腔鏡取石術。
5.緊急治療
腎絞痛和感染應立即治療。感染要及時使用抗生素，必要時腎穿刺引流可行。腎絞痛可用抗膽堿能藥、黃體酮和鈣通道阻滯劑治療。必要時可註射哌替啶鎮痛。雙側輸尿管結石合並梗阻性無尿的患者可以考慮立即手術取石。