治療周期
正常情況下，卵巢囊腫會在3~6個月內自行消退或縮小。如果是病理性囊腫，可以短期治療。
保守療法
絕大多數的生理性卵巢囊腫，即使不治療，也會在幾個月經周期後自行消退，患者不必過於擔心。囊腫破裂，但出血量少時，可采取保守治療，如止血、抗感染、臥床休息、輸液等。在治療過程中，醫生會註意監測血壓、心率等生命體征。
藥物
對於無手術指征的卵巢囊腫，可采用中西醫保守治療。如果是子宮內膜樣囊腫，可以服用短效避孕藥；如果懷疑是炎性囊腫，可以服用抗生素或者中藥活血化瘀。
外科療法
如果沒有癥狀，可以先觀察。如果卵巢囊腫較大，如超過5 cm甚至更大；卵巢囊腫為實性；絕經後卵巢囊腫伴腹痛、下腹不適者，建議手術切除囊腫。
輸卵管卵巢切除術
良性卵巢囊腫的治療，此手術適合年齡較大的女性，壹般用於更年期女性或45歲以上的女性。
卵巢囊腫切除術
它通常用於絕經前的年輕女性患者。卵巢囊腫手術後出現粘連怎麽辦？很可能會導致不孕，所以患者需要在手術前權衡對生育能力的影響。
腹腔鏡手術
與開腹手術相比，腹腔鏡手術具有創傷小、對患者影響小、術後恢復快、手術疤痕少等優點。腹腔鏡手術適用於囊腫較小的患者。