口服甲硝唑或替硝唑治療牙周膿腫。維生素C和B2，牛黃解毒片。塗抹碘甘油或碘伏，飯後用鹽水漱口。形成膿腫時，可以去牙醫那裏排膿。多喝開水，多吃水果蔬菜，保持大便通暢。膿腫治愈後及時修復齲齒等牙病。
急性牙周膿腫的治療原則是減輕疼痛，防止感染擴散，引流膿液。在膿腫早期膿液形成前，可清除大塊牙石，沖洗牙周袋，牙周袋內放置防腐或抗菌藥物，必要時給予全身抗生素或支持療法。過早切開引流會造成傷口過度出血和疼痛。
當膿液形成和波動時，可根據膿腫的位置和表面黏膜的厚度，從牙周袋或齦面引流。前者可以用鋒利的探針從袋內壁刺入膿腫腔，後者可以在表面麻醉下用鋒利的刀片將膿腫切開至深部，使膿液得以充分引流。切開後用生理鹽水徹底沖洗膿腔，然後塗抗菌、防腐藥物。不要用過氧化氫溶液沖洗膿腫腔，以免新生氧氣氣泡進入組織引起劇烈疼痛。
慢性牙周膿腫可以在潔治的基礎上直接進行牙周手術治療。根據不同情況，可進行膿腫切除或皮瓣手術，清除根面菌斑和結石。