EMDR的治療方案包括八個階段，即:
1)診斷期。在危機幹預咨詢初期，咨詢師需要了解來訪者所經歷的危機事件，評估個案的準備情況，提出咨詢方案，評估並制定療效，發展特殊技能和未來行為，並對其進行優先排序。在選擇目標時，心理咨詢師要註意找同類型的，找有代表性的事件來處理，不要把每壹個功能記憶都定為目標。
2)準備期。向客戶介紹EDMR療法的原理和目標，與客戶建立合作關系，講解眼動脫敏再加工療法的流程和療效，讓客戶在治療過程中進入創傷記憶的情緒場景，學習放松技巧，獲得足夠的休息和處理情緒的方法。
3)“評估”——利用開發的SUDS量表，對患者的創傷影像、思想、記憶進行評估，區分哪些嚴重，哪些較輕。
4)“敏感度下降”——實際眼球運動和敏感度下降階段，從而逐漸消除創傷性記憶。
5)“植入”——在指導下向患者植入積極的自我陳述和光明的希望，而不是消極悲觀的思想，以擴大療效。
6)“觀察”——將災情的原始畫面與後來植入腦海的積極的自我陳述和鮮明的想法聯系起來，無形中練習“用新的力量面對舊的創傷”。
7)“結束”:準備結束治療。如果有不完全的治療，通過放松技巧、心理意象、催眠等來彌補。，並說明預後及如何隨訪。
8)“評估反饋”:評估療效和是否達到治療目標，然後制定下壹步治療目標。