1周後疾病可自愈。壹般來說，對癥治療可以應用抗病毒藥物，如阿昔洛韋和利巴韋林(利巴韋林)。中藥大青葉、夏枯草或導赤散。
目前，這種疾病沒有有效的治療方法，但可以采取以下措施來緩解:
1，服用抗病毒藥物，如利巴韋林、病毒靈等。
2、保持局部清潔，避免細菌二次感染。
3、因口腔糜爛，孩子進食困難時，可給予易消化的流質食物，飯後漱口。
4、局部可塗金黴素魚肝油，以減輕疼痛，促進爛面早日愈合。
5.b族維生素，如維生素B2，可以口服。
6、如果伴有發熱，可以用壹些清熱解毒的中藥。
壹般這種病1 ~ 2周就能自愈，不會留下後遺癥，但不是終身免疫，就是以後會感染。
壹種防治手足口病的中藥配方
★預防方:金銀花6g，大青葉6g，茵陳15g，薏苡仁10g，甘草3g。用水煎服，每日兩次，連服5-7天。本方具有清熱解毒、健脾祛濕的作用，適用於易感人群的預防。
以上劑量為3 ~ 6歲，3歲以下嬰幼兒可減量服用，6歲以上可加大劑量服用。★治療:治療皮膚皰疹:苦參30克，野菊花30克，紫草30克，地膚子3000毫升，煎至2000毫升，冷卻至35℃~38℃，浸泡手、腳、臀部10 ~ 15分鐘。
對付口咽皰疹:西瓜霜吹在口腔患處或噴口炎噴霧劑在患處，每天兩次。
治口腔疼痛，牙齦腫痛:可用板藍根10g，黃芩、白鮮皮6g，金銀花3g，竹葉2g，薄荷2g，煎服含漱。
★飲食:胡蘿蔔1根，白茅根15g，竹蔗1節，生薏苡仁15g，每日1劑，以水代茶煎服。
燈心草5捆，蟬蛻3g，木棉花1朵，雞骨草10g，瘦豬肉50g，煮沸飲用。
荷葉粥:新鮮荷葉2片，白米50克。將荷葉切碎，煮粥。
以上均為3~6歲兒童1劑量，可根據年齡增減劑量。
(2)預後
壹般病程較好，整個病程約為5 ~ 10天。大部分可以自愈，預後良好。