關於載淳的死因有不同的看法。有人說載淳死於天花，也有人說他死於梅毒。
最近在清朝的檔案中發現了壹本萬歲爺用藥的書，屬於清朝皇帝的脈象案卷。
據記載，載淳於同治十三年十月三十日臥病在床。當天下午，泰國醫院對李德利和禦醫莊守和進行了宣判。結果是:“脈搏微弱。它是風災的癥狀，殷琦不足，無法滲透到外面，導致發熱，頭暈，胸悶，腿軟，皮疹，有時因氣受阻而昏厥。”內科醫生只能通過第壹次把脈來做出上述明確診斷，主要是因為載淳病非常嚴重，皮疹樣外觀更明顯。為此，醫師開出了“清陰解表”，由生地、玄參、牛蒡子、蘆根等十二種藥材配制而成，用以防風。同治只吃了壹次藥，效果就出現了。第二天早上，混合了鼠疫和痘的疹子露出來了，不像昨天那麽悶了。但皮疹在開始時並未完全出現，導致“肺胃發熱熏蒸、咽幹、胸悶、頭暈、發熱、心悸、譫妄”。神醫用“清解利咽湯”對此進行調理。第三天服藥後，效果明顯，即中午“脈泛，頭面部及全身皮疹中混有青春痘顆粒”。
就這樣，經過醫生不到兩天的精心治療和護理，雖然痘痘開始出現，但部分癥狀有下降的跡象。但由於熱毒郁結過多，頭頸部的痘痘顆粒非常密集，痘痘顆粒顏色呈紫色，出現咽痛、惡心、顫抖口幹、便秘、溺水等癥狀。很明顯，痘痘物質暴露後過多的毒滯沒有完全出來，最後藥物無效，導致死亡。
根據這些記載，有人認為同治死於天花，但這些記載在朝廷中只是片面的，民間的傳言大多說同治死於梅毒。
在壹些正規的學術著作中，有同治皇帝微服出宮，尋歡作樂，甚至出煙館、妓院的故事。比如蕭壹山的《清代通史》壹書中記載，同治得了梅毒，最終死於遊歷。
據記載，同治皇帝和阿魯特皇後相愛，慈禧太後卻不喜歡阿魯特。慈禧開始請皇後等人陪她看戲。但是女王很安靜，不喜歡熱鬧。每次看到壹男壹女曖昧，她都坐在墻上。慈禧對皇後不滿，更不喜歡她。女王被指責了很多次，但她依然我行我素。慈禧覺得皇後故意丟面子。皇後笑著問候同知。慈禧甚至認為她是壹只迷倒聖主的狐貍，於是限制同治寵愛皇後，強迫她愛惠公主。同治就是討厭慈禧喜歡的惠妃。所以同治皇帝和太監經常穿著小衣服出去找花。但同治怕被手下人看見，不敢去北京有名的妓院找隱蔽的小妓院和妓女。起初，人們對他的身份壹無所知，後來他們假裝不知道。
壹些王公大臣註意到同治皇帝的小動作傳遍天下，多次勸誡同治無濟於事。有壹次，同治皇帝多次否定了給淳於長的建議。淳親王只好壹壹指出時間和地點，但皇帝同知
據說載淳是從燕華祥醫院感染梅毒的。起初，他沒有註意到。後來臉上和背上都出現了斑點，叫太醫。禦醫驚呆了，不知如何是好，苦苦哀求慈禧。慈禧宣稱皇帝只是染上了天花。於是醫生們按照痤瘡的醫學方法開了藥，沒有效果。皇帝大怒，問:“妳為什麽不給我治病？”大夫也答道:“這是太後的命令。”而且翁同龢日記記載:“風聲太響，非兩宮聖旨。”載淳怒不可遏。梅毒在當時是絕癥，用天花治好了，顯然是為了掩蓋醜聞，避免丟王室的臉。於是，同治的病情越來越嚴重，下體潰爛而死。
同治究竟是死於天花還是梅毒，這兩種說法各有出處，都可以找到自己的證據，難以區分，從而成為清宮中的又壹個謎團。