如果是細菌感染引起的尿道炎，可以選擇喹諾酮類抗生素，如左氧氟沙星片和頭孢類抗生素，如頭孢克肟分散片、頭孢拉定膠囊等藥物進行治療。如果非淋菌性尿道炎是由支原體、衣原體感染引起的，建議選擇大環酯類抗生素，如阿奇黴素、米諾環素等藥物進行治療。壹般情況下，壹周左右就能治好。
治療期間需要註意飲食清淡，不吃辛辣刺激的食物，戒煙戒酒，禁止性生活。此外，還要註意多喝水，勤小便。建議每天喝2500毫升左右的水，可以增加尿量，通過尿液的沖刷作用將尿道內的炎癥性滲出物沖洗出體外。