但也有相當壹部分患者出現不明原因的精液質量異常，稱為“特發性精液異常”。
對於器質性疾病，如垂體腺瘤，精液異常可以手術治療。更多的精液異常可以通過藥物治療得到改善。
該領域常用的藥物有抗雌激素制劑、雄激素制劑、能量代謝制劑、維生素制劑、微量元素制劑、中藥制劑等。
需要註意的是，精子的產生和成熟大約需要80天，所以藥物治療需要3個月以上。
如果藥物或手術治療不能解決精液異常，可以采用輔助生殖技術輔助妊娠治療。
對於精子活力低且女方無異常的夫婦，可采用宮腔內人工授精(IUI)輔助懷孕；對於嚴重少精子癥和弱精子癥患者，需要進行卵胞漿內單精子註射(ICSI)來輔助懷孕。