應在囊腫表面沿頸部皮紋做橫切口，長度應足以暴露手術野。如果是瘺管，應做壹個紡錘形切口，包括瘺管的皮膚。如果囊腫位置較低，剝離至舌骨體平面時應做壹個橫切口。根據切口設計，分層切開皮膚、皮下組織、頸闊肌和頸前帶肌，暴露囊腫或瘺口，然後在周圍分開，註意不要損傷甲狀舌管骨膜。到達舌骨體下緣時，切開與舌骨體相連部分兩側的舌骨骨膜及附著肌肉，用骨剪分別切開舌骨體兩側，將囊腫或瘺管連同舌骨體切開部分壹並切除。沖洗創腔，徹底止血，縫合舌根瘺肌，消除死腔，舌骨體切除術後縫合骨折骨淺面附著的肌肉和骨膜。
如果囊腫是癌性的，並伴有頸部淋巴結轉移，就需要進行頸部淋巴結清掃。術後病理類型為乳頭狀癌或濾泡狀癌的患者可用甲狀腺素抑制治療。如果是鱗狀細胞癌，術後放療是可行的。[2]