角化囊腫容易復發，甚至惡性，所以手術刮除更徹底；刮除囊壁後，用苯酚或硝酸銀等腐蝕劑塗抹骨傷口，或加冷凍治療，以消除囊腫，減少復發。如有必要，可在囊腫外圍切除部分骨頭。如果病變過大或角化囊腫多次復發，應將頜骨連同病變軟組織壹起切除，並立即進行植骨。
對於較大的角化囊腫(包括其他較大的頜骨囊腫)，切開整形囊腫也是可行的。整形囊腫切開術也叫袋縫術，即從口部切開囊腫，切除部分囊壁和粘膜，將粘膜和囊膜相互縫合，使囊腔與口腔相通，引流通暢。由於沒有囊液積聚，壓力消除，囊腔可逐漸縮小變淺。以後剩下的囊壁可以通過手術切除。因為死空間不大，所以很容易關閉。這種方法的另壹個優點是手術只能在口腔內進行，不需要從口腔外做切口。它的缺點是療程長。在整個治療過程中，要註意保持口腔衛生，密切隨訪。