人乳頭瘤病毒感染的主要治療方向是提高機體免疫力和綜合抗病毒治療。抗病毒藥物可用於治療。目前針對人體組織病毒的口服藥物不多，主要使用壹些外用藥物，如酞丁安、咪喹莫特等。如果患者感染了引起生殖器尖銳濕疣的病毒，要盡快采取有效的治療措施，如化學藥物燒灼疣體、物理方法(激光、冷凍)、雙向免疫生物抗體激活療法、手術等。
同時，人乳頭瘤病毒患者也可以調整飲食，生活中堅持吃蜂蜜或蜂王漿，兩者都可以增強抵抗力和免疫力。因為尖銳濕疣的復發往往發生在抵抗力低下的時候。