便秘的治療應增加膳食纖維和多喝水，養成定時排便的習慣，增加體育鍛煉，避免濫用瀉藥。膳食纖維補充劑是治療功能性便秘的首選。因為膳食纖維本身不被吸收，纖維素具有親水性，可以吸收腸道水分，增加糞便容量，刺激結腸蠕動，增強排便能力。富含膳食纖維的食物有麥麩、蔬菜、水果等。
如果上述治療失敗，可酌情使用胃腸動力藥、瀉藥和生理鹽水灌腸。瀉藥包括刺激性瀉藥、炎癥性瀉藥、滲透性瀉藥、膨脹性瀉藥和潤滑性瀉藥，推薦使用膨脹性瀉藥，包括麩皮、甲基纖維素、聚乙二醇和瓊脂。僅在必要時選擇刺激性瀉藥，不可長期使用。常用的促動力藥物是莫沙必利和伊托必利。