肛門膀胱炎的治療方法比較簡單，將抗生素和類固醇的混合物註入肛囊即可。許多藥物有效，但氨芐青黴素、氯黴素或鏈黴素是最佳組合。對於反復感染的病例，應取分泌物進行細菌培養和抗生素敏感性試驗。從感染腺體培養出的細菌變化很大，但主要是大腸桿菌、糞鏈球菌、魏氏梭菌和變形桿菌。單純膽囊管阻塞或感染的病例通常不需要全身抗生素治療。如果在動物中頻繁發生再感染，則應燒灼肛囊並進行消毒或切除。