1.加強營養，必要時輸註人血白蛋白、多種氨基酸和靜脈高營養。
2.對癥治療的關鍵是抗腹瀉。苯二哌啶和益盟亭可用於預防成癮。
3.抗炎如果合並全身和局部細菌感染，應使用抗生素。5-氨基水楊酸、柳氮磺吡啶和艾迪沙主要用於結腸炎癥性病變。
4.中藥可以選擇腸胃康、香連片、白白片、葛根芩連片等。固本益腸片具有良好的收斂止瀉作用。
5.微生態制劑在長期服用抗生素後容易出現有益菌減少的情況，可選用培菲康、雙歧桿菌、麗珠得樂等有益菌。
6 .糾正貧血、低蛋白血癥、中毒性先天性巨結腸或穿孔的並發癥。前兩者可保守治療，後兩者必須手術。
當藥物治療失敗時，腸狹窄、炎性息肉、腸梗阻、膿腫、軟管形成或惡性結腸癌應手術切除。輕型預後好，持續性、復發性預後差，暴發型手術治療。