木香病蟲害較少，主要是蚜蟲、地老虎、蠐螬、根腐病。
蚜蟲多發生在春旱，危害幼苗的新芽和新芽。防治方法:使用符合國家綠色食品《農藥使用指南》的生物源高效低毒殺蟲劑。
地老虎和蠐螬多發生在夏末秋初，危害木香根部。防治方法:采用人工誘捕、殺滅或使用微生物殺蟲劑。
根腐病多發生在高溫高濕的夏季，土壤水分高容易致病，主要損害木香的根系，使其失去商業價值。得病後地上部分發黃萎蔫，容易被發現。防治方法:及時拔除病株，集中焚燒；挖除周圍土壤，在病穴內撒生石灰，用70%多菌靈可濕性粉劑800倍液或50%甲基托布津800 ~ 1000倍液四周噴灑，防止感染蔓延。