藥液過少(少於100 ml)達不到治療目的；如果藥液量過多(300 ml)，液體很容易從肛門溢出，造成浪費。灌腸後，液體藥物應保持在S型的結腸以上。藥液倒出後，適當擡高臀部，慢慢拉出肛管，然後讓患者仰面休息半小時左右。
CRF，即“慢性腎衰竭”患者，病情危重，常伴有腸道出血和水腫。所以操作要盡量輕柔，肛管插入範圍不能過大或過猛，以免損傷和感染。保留時間應至少為30分鐘。最佳時間為2 ~ 4小時，停留時間越長效果越好。清潔灌腸後可以保留更長時間，效果更好。每天1 ~ 2次，7 ~ 10天為壹個療程，必要時可休息2 ~ 4天再進行下壹個療程。目前這種方法比較常用。
還有低級灌腸，如將大黃10 ~ 30、煆牡蠣30、蒲公英20研末，沸水600 ~ 800 ml浸泡30分鐘，攪拌冷卻至38度左右，保持低級灌腸20分鐘，每日1次。