徹底的手術切除是甲狀腺乳頭狀癌最基本的治療方法。根據甲狀腺腫瘤的病理變化，選擇壹側甲狀腺葉加峽部切除或甲狀腺全切除術，根據頸部淋巴結轉移情況，選擇中央淋巴結清掃或頸部淋巴結清掃。不建議甲狀腺腫瘤切除或甲狀腺次全切除。
2.甲狀腺激素療法
甲狀腺激素治療可抑制血清促甲狀腺素的產生，促甲狀腺素可促進甲狀腺癌細胞的生長。因此，甲狀腺激素治療可以去除促進甲狀腺癌細胞生長的環境，達到治療的目的。
3.同位素療法
有肺或骨轉移的晚期病例及部分高危病例應采用131碘治療。同位素治療前需要進行甲狀腺全切除術。
4.化療和放療
因為甲狀腺乳頭狀癌對放化療不敏感，所以不作為常規治療。