①調節排便:保持排便通暢，防止腹瀉或便秘，以減少糞便對肛瘺內口的刺激。
②清潔肛門:用溫生理鹽水或高錳酸鉀1: 10000溶液坐浴，每日1 ~ 2次。還有勤換內褲。
③適當用藥:可口服黃連素、慶大黴素等抗生素控制炎癥。也可以用藥膏等局部塗片或中藥內服外用。
保守治療肛瘺只能緩解癥狀，不能完全治愈肛瘺。要徹底根治肛瘺，只能手術切開。