對於囊腫內積液較多且無軟組織侵犯的患者，可進行囊腫穿刺引流。在超聲圖像的引導下，用細針穿刺抽吸囊腫內的關節液，以迅速清除腫脹。
超聲引導穿刺註射皮質醇是壹種風險低、成功率高的治療方法，針對膝關節骨關節炎合並窩囊腫。壹般穿刺註射治療後幾周內，膝關節疼痛腫脹癥狀可明顯改善，囊腫體積明顯縮小。