日本甲狀腺癌的治療取決於癌癥進展程度和身體狀況。甲狀腺癌的治療包括手術治療、放療和藥物治療。除了高度未分化癌，手術是日本治療甲狀腺癌的主要方法。手術方法取決於癌癥的位置、大小和擴散。
日本對分化型甲狀腺癌的治療以手術治療為主，此外，可采用內放射碘治療作為輔助治療；髓樣癌的治療主要是通過手術，如果出現復發轉移可以使用靶向藥物；對於未分化癌，對於IVA或IVB甲狀腺癌，對於可以進行甲狀腺癌手術的患者，術後應給予輔助治療，其他情況應給予多學科治療。