如果血管母細胞瘤不能完全切除，腫瘤可能會重新生長或產生更多的小泡。任何對大腦或脊髓的手術都是侵入性的，具有壹定的風險，如中風、感染、麻醉並發癥或神經缺陷。然而，大多數血管母細胞瘤可以用目前的神經外科設備安全地切除。
與開顱手術相比，立體定向放射治療可用於定位和破壞血管母細胞瘤。
單壹劑量的放射手術會使細胞逐漸死亡，然後細胞自然萎縮。血管母細胞瘤患者中，只有實體瘤需要通過放射手術切除；囊液的量會逐漸減少，最後囊泡會逐漸變小。