由於爛鰓病的發生有賴於壹定量的活菌，且發病時細菌可能已感染內臟，故本病的治療應結合水消毒和口服藥物。
水消毒的措施包括:
(1)生石灰融化後，全池濺水，意味著池水的pH值變成弱堿性(pH8.0左右)，用量和次數要根據池水的實際pH值而定。壹般每畝水深用量為10-20kg。
(2)全池噴灑含氯消毒劑，用量為1-2g/m3水，二氯異氰尿酸鈉0.3-0.4g/m3水，三氯異氰尿酸0.2-0.3g/m3水或250g/畝。米的魚胚血清。
(3)獸用紅黴素全池潑灑，用量為0.3g/m3水。
(4)用0.3%氨水40-50kg浸泡12h，每米水深每畝2-3kg大黃粉，然後將帶渣汁液灑滿池水。
⑤如果病情嚴重，可先抽出部分池水，按每立方米水2-3g的用量，對全池噴灑呋喃唑酮12小時。
口服藥物有:
(1)每500公斤魚，混合紅黴素40克，每天投餵，連續3-5天。
(2)每天每500公斤魚投餵500頭農夫-3號混合液，連續投餵3-6天。
(3)每500公斤魚每天餵500克強克99藥，連續4-6天。