根除幽門螺桿菌預防胃癌的最佳時間是在萎縮和腸化生之前，超過這個起點，其引起的黏膜病變就很難逆轉。醫生會嚴格掌握幽門螺桿菌根除治療的適應癥，給予規範化治療，必要時根據抗生素的藥敏試驗選擇抗生素，減少耐藥性的發生。
在根除治療中，患者必須遵醫囑定期服藥。