1.壹般療法
胃腸功能紊亂的治療重點不是藥物，而是平時的飲食。只有通過精神調整和行為改變，才能從根本上調整胃腸功能障礙。傳統上主要采用飲食治療、營養支持治療、鎮靜催眠治療、解痙止痛綜合治療。醫生可以根據病情使用理腸和胃的藥物，谷維素，消化酶，維生素B1，吲哚美辛等。對於有明顯精神癥狀的患者，給予抗焦慮或抗抑郁藥物，緩解心理障礙。重要的是采用心理治療，其方法壹般是解釋、安慰、說服、分析、理解、積極暗示和情緒轉移，使患者真正了解自己的病情，積極調節情緒，消除思想顧慮，提高治愈疾病的信心。
2.藥物療法
調節神經功能，改善睡眠。根據病情，可選擇以下藥物和方法。
(1)可給予鎮靜劑，如地西泮、安定、氯丙嗪、苯巴比妥、美樂酮或谷維素。
(2)具有解痙鎮痛作用的抗膽堿能藥物，可松弛平滑肌；如顛茄制劑、阿托品、異丙酚等。
(3)維生素B6可用於神經性嘔吐。如果嘔吐嚴重，酌情給予冬眠靈、異丙嗪、毒死蜱。
(4)腸神經官能癥便秘可給予石蠟油、氧化鎂、安泰樂、植物粘液物質等潤滑劑。腹瀉可用復方苯乙基哌啶灌腸，或0.25%奴佛卡因每日壹次，或用益盟停。