1.新冠肺炎通過刺突蛋白與人血管緊張素轉換酶2(ACE2)結合，然後侵入人體細胞。ACE2不僅在肺組織中表達，而且在腸上皮中也有分布。腸道中的ACE2蛋白會幹擾蛋白質等營養物質的吸收，從而引起消化道不適等癥狀。
2.藥物不良反應
新冠肺炎雖為自限性疾病，但在發病過程中可出現高熱、咳嗽、肌肉疼痛、肺炎等系統癥狀，需要解熱鎮痛藥物、抗病毒藥物、抗菌藥物等，均可引起惡心、腹瀉等消化系統不良反應。
3.病毒感染對胃腸粘膜的連鎖反應
人體感染病毒後，自身免疫力會降低。此外，治療過程中可能會服用抗病毒藥物和抗菌藥物，胃腸道內的有益菌會大大減少，胃腸道的微生態平衡被打破，導致胃腸道不適。這種不適可能會持續很長時間，即使轉陰，腸道菌群平衡也需要慢慢恢復正常。