腎萎縮是腎積水的主要危害。由於尿液排泄受阻，腎盂增大，腎內壓力增加，腎組織和血管受壓，導致腎臟進行性萎縮和破壞，腎功能受損。更嚴重的時候，腎臟會變成壹個大的無功能囊。輕度腎積水患者，腎積水梗阻解除後，可恢復腎盂形狀；而且嚴重的腎積水，萎縮的腎臟組織很難修復。所以壹旦發現腎積水，要及時治療。
除了腎積水會導致腎臟萎縮外，腎積水的危害如下:
腎結石的形成也是腎積水的危害:結石堵塞尿道並發腎積水，腎積水誘發結石形成，互為因果。感染的菌群、膿皰和壞死的組織細胞成為腎結石形成的核心，尤其是感染尿液中的鹽結晶會堆積成結石。
如果腎積水導致腎萎縮，壹定要選擇合適的腎萎縮治療方法。尿路感染也是腎萎縮的危害。尿液停留在腎臟和輸尿管中，導致細菌生長和繁殖，導致腎盂腎炎、輸尿管炎、膀胱炎或腎周炎。由於腎實質很薄，如果腎臟內張力過高，容易造成創傷性破裂或自發性張力性破裂，可能會並發急性腹膜炎，嚴重威脅生命安全。