首先，食品分析作為壹種檢測手段，必然有其分辨率極限，也就是說，樣品中那些含量極少但可能影響風味的成分是無法分析的；
其次，未知條件太多。如果分析可以得到壹個樣本中的所有成分，但食物不是由各種純物質組成，而是由各種混合物加工而成，就相當於解壹個未知數個數不確定的多元方程，除非情況簡單，否則很難有解。當然，如果除了壹個樣本之外，還有更多的附加信息，就更容易破解了。；
第三，對於秘方來說，秘方的地方不僅僅是原料(其實只要是不斷生產的食物，都需要通過采購等方式獲取原料，所以原料相對容易找出來)，很多時候更多的是制作方法，通過樣品分析制作方法就更難了。
其實只要有人關註那些祖傳秘方，壹定不僅僅是做個樣本做分析。用壹點間諜手段破解秘方只是時間問題。