對衣原體敏感的抗菌藥物有四環素、多西環素、大環內酯類和部分氟喹諾酮類。
對支原體敏感的抗菌藥物有:大環內酯類、四環素、多西環素等。
對於孕婦來說，無論是支原體還是衣原體感染，阿奇黴素都要口服或靜脈註射。紅黴素現在已經很少用了，因為不良反應很大。阿奇黴素和紅黴素在妊娠分類中都是B級，對孕婦是安全的。克拉黴素在妊娠分級中是C級，可以使用，但安全性相對不如前兩種藥物。羅紅黴素對胎兒的影響尚不明確，不推薦使用。
四環素、多西環素、米諾環素(米諾環素)在妊娠分類中均為D級，孕婦壹般禁用。當然，偶爾用1或2次也沒關系。
氟喹諾酮類藥物在妊娠分類中屬於C類，安全性不如阿奇黴素和紅黴素，孕婦感染衣原體時不宜使用。
至於這些藥物的不良反應，這裏就不描述了，比如米諾環素引起的眩暈，氟喹諾酮類引起的腦興奮和光敏反應。