糞肥在使用前需要充分分解，否則使用時會發酵產熱，導致植物燒根。
糞肥壹般用作基肥，在整地起壟時施用。幼苗種植後，它能為幼苗提供生長發育所需的肥效。完全腐熟的糞肥也可以作為追肥，但需要稀釋到壹定程度，不能直接用原液澆灌。稀釋壹般是1份肥料，2份或3份水，視植物生長期而定。